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核酸适配体手册-功能性寡核苷酸及其应用 本书特色
《核酸适配体手册》以功能性寡核苷酸及其应用为核心,系统介绍了核酸适配体的体外筛选原理、技术方法以及近年来在基础医学、临床诊断、药物研究等方面的应用。本书姊妹篇《生物分析中的适配体》于2011年出版后,受到业内读者的广泛好评。这两本书的出版着重于适配体在生物分析化学中的应用。
核酸适配体手册-功能性寡核苷酸及其应用 内容简介
《核酸适配体手册》全书围绕功能性寡核苷酸及其应用,系统介绍了核酸适配体的体外筛选原理、技术方法以及近年来在基础医学、临床诊断、药物研究等方面的应用。主要包括各种靶分子的适配体体外筛选技术;用核酸适配体作为药理探针在体内和体外确定靶标、蛋白功能分析、活体成像和适配体在临床治疗研究中的应用等。书中内容均为该领域*新研究成果,其介绍的内容和方法对于国内适配体研究工作者具有指导意义和良好参考价值。
核酸适配体手册-功能性寡核苷酸及其应用 目录
第1篇历史和理论背景
第1章体外筛选功能性寡核苷酸及其生物化学活性的起源
James M.Carothers 和 Jack W.Szostak著;屈锋 译
1.1引言
1.2体外筛选的简短历史
1.3体外筛选产生适配体、核酶、脱氧核酶的启示
1.4合成学方法用于理解功能核酸的自然起源
1.5*新的技术发展和未来的方向
1.6小结
致谢
参考文献
第2章RNA进化的数学模型、计算机模拟和体外筛选的概念
Peter Schuster 著;宋丹丹 译
2.1从早期的实验和理论到中性网络的概念
2.1.1试管中的进化
第1篇历史和理论背景
第1章体外筛选功能性寡核苷酸及其生物化学活性的起源
James M.Carothers 和 Jack W.Szostak著;屈锋 译
1.1引言
1.2体外筛选的简短历史
1.3体外筛选产生适配体、核酶、脱氧核酶的启示
1.4合成学方法用于理解功能核酸的自然起源
1.5*新的技术发展和未来的方向
1.6小结
致谢
参考文献
第2章RNA进化的数学模型、计算机模拟和体外筛选的概念
Peter Schuster 著;宋丹丹 译
2.1从早期的实验和理论到中性网络的概念
2.1.1试管中的进化
2.1.2分子进化的动力学理论
2.1.3序列空间和形状空间
2.2RNA结构、热力学和动力学折叠
2.2.1*小自由能的二级结构
2.2.2逆折叠
2.2.3次优构象与动力学折叠
2.2.4共折叠和DNA参数
2.3中性网络和计算机模拟分子进化
2.3.1序列空间中的中性网络
2.3.2计算机模拟RNA进化
2.3.3计算机模拟进化的经验教训
2.4设计的和天然的RNA开关
2.5RNA设计未来存在的问题展望
致谢
参考文献
第3章适配体进化中的适应性曲面,错误阈值和辅助因子
.dám Kun,Marie.Christine Maurel,Mauro Santos and E.rs Szathmáry 著;
宋丹丹 译
3.1引言
3.2从实例中推导的函数曲面
3.2.1适应性曲面
3.2.2核酶参与的损伤筛选实验
3.2.3适应性曲面的构建
3.2.4案例研究:脉孢菌VS核酶的适应性曲面
3.3从函数曲面推断的错误阈值:脉孢菌VS核酶的“真实”错误阈值
3.4寻找催化的伴侣:辅助因子和适配体
3.4.1联合.核酶(辅助因子辅助的核酶)
3.4.2适配体酶
3.5辅酶的运用:通过翻译和遗传密码,从RNA世界到蛋白质世界
3.6展望
致谢
参考文献
第2篇靶标结合的寡核苷酸的体外筛选
第4章小分子的适配体
Heiko Fickert,Iris G.Fransson和Ulrich Hahn 著;赵新颖 译
4.1引言
4.2核苷酸、核苷和碱基的适配体
4.3辅助因子的适配体
4.4氨基酸的适配体
4.5糖的适配体
4.6天然产物的适配体
4.7有机或荧光染料的适配体
4.8嵌合的适配体筛选方法
4.9小结
致谢
参考文献
第5章抗生素的适配体
Christina Lorenz和Renée Schroeder 著;赵新颖 译
5.1引言
5.2与RNA结合的抗生素
5.3四环素的适配体
5.4链霉素的适配体
5.5氨基糖苷的适配体
5.6氯霉素的适配体
5.7肽类抗生素紫霉素的适配体
5.7.1肽类抗生素紫霉素作为初始的前导分子
5.8从抗生素结合的适配体中我们学到了什么?
致谢
参考文献
第6章蛋白质的适配体
Shahid M.Nimjee,Christopher P.Rusconi and Bruce A.Sullenger 著;吕雪飞 译
6.1前言
6.2蛋白质抑制剂适配体的性质
6.3细胞因子/生长因子
6.3.1血管内皮生长因子(VEGF)
6.3.2人干扰素γ
6.3.3血管生成素.
6.3.4碱性成纤维细胞生长因子
6.3.5血小板衍生生长因子
6.4核酸结合蛋白
6.4.1HIV.1 Tat
6.4.2HIV.1 Rev
6.4.3HIV反转录酶
6.4.4转录因子 E2F
6.4.5核因子 Kappa B
6.5丝氨酸蛋白酶
6.5.1丙型肝炎病毒.NS3(HSV.NS3)
6.5.2人嗜中性粒细胞弹性蛋白酶
6.5.3凝血酶
6.5.4Ⅶa因子
6.5.5Ⅸa因子
6.6抗体/免疫球蛋白
6.6.1抗胰岛素受体的抗体MA
6.6.2乙酰胆碱受体的单克隆抗体(MAb)
6.6.3免疫球蛋白E
6.6.4细胞毒性T细胞抗原
6.7细胞表面受体/细胞黏附分子
6.7.1P.选择素
6.7.2L.选择素
6.7.3前列腺特异性膜抗原
6.7.4克氏锥虫
6.8补体蛋白——人补体C
6.9细胞外膜蛋白——肌腱蛋白C
6.10脂蛋白——人非胰腺分泌的磷脂酶A
6.11阮病毒蛋白——阮病毒蛋白PrPSc
6.12多肽类
6.12.1Ghrein/胃促生长素
6.12.2神经肽降钙素基因相关肽
6.12.3促性腺激素释放激素
6.12.4神经肽痛敏肽/孤啡肽FQ
6.13小结
参考文献
第7章核酸结构的适配体
Jean.Jacques Toulmé,Fabien Darfeuille,Carmelo Di Primo 和 Eric Dausse 著;
吕雪飞 译
7.1引言
7.2双链核酸的适配体
7.3环.环间的相互作用
7.3.1RNA.RNA “亲吻”复合物
7.3.2DNA.RNA“亲吻”复合物
7.3.3双RNA.RNA“亲吻”环作用
7.3.4顶环.内环相互作用
7.4化学修饰的适配体识别RNA靶标
7.5基于核酸靶标的适配体的生物学特性
7.6小结
致谢
参考文献
第8章核糖开关:天然的代谢物结合RNA调控基因表达
Adam Roth,Rüdiger Welz,Ronald R.Breaker 著;张小莉 译
8.1引言
8.2核糖开关的基因调控
8.3核糖开关的适配体结合域
8.4特异性识别鸟嘌呤和腺嘌呤的天然适配体
8.5适配体结构的高分辨分析
8.6甘氨酸核糖开关
参考文献
第3篇具有催化活性的短链寡核苷酸的体外筛选
第9章具有催化活性的RNA分子:有机化学中的工具
Barbara.Sylvia Weigand,Andreas Zerressen,J.rg C. Schlatterer,Mark Helm
和 Andres J.schke 著;高培峰 译
9.1引言
9.2具有催化活性的生物大分子
9.3核酶的从头构建
9.4核酶的催化谱
9.5小结
参考文献
第10章脱氧核酶:具有催化活性的DNA分子
Kenny Schlosser,Simon A.McManus,Yingfu Li 著;屈锋,高培峰 译
10.1DNA催化能力的*初证明
10.1.1剪切RNA的DNA核酶
10.1.2连接DNA的脱氧核酶
10.1.3催化卟啉金属化的DNA
10.2两种剪切RNA的脱氧核酶的故事
10.2.110.23和8.17的体外筛选及二级结构
10.2.210.23用于基因治疗
10.2.310.23的其他用途
10.2.48.17的功用
10.2.5体外筛选实验中8.17的重现
10.3其他的脱氧核酶
10.3.1其他剪切RNA的脱氧核酶
10.3.2催化RNA连接的脱氧核酶
10.3.3催化DNA剪切的DNA核酶
10.3.4修饰DNA的DNA核酶
10.3.5催化磷酸二酯键形成的DNA酶
10.3.6催化胸腺嘧啶二聚体修复的脱氧核酶
10.3.7具有外来功能的DNA酶
10.4展望
参考文献
第4篇应用和展望
第11章核酸适配体作为药理探针的体内外靶标确认
P.Shannon Pendergrast 和 David M.Epstein著;李玉娟 译
11.1引言
11.2核酸适配体作为药理探针用于靶标确认
11.3基因或mRNA敲除对靶标确认的限制
11.4核酸适配体用于靶标确认
11.4.1适配体用于细胞内靶标的体外确认
11.4.2适配体用于细胞内外靶标的体内确认
11.5小结
参考文献
第12章用于蛋白功能分析和药物发现的内配体
Michael Famulok 和 Günter Mayer著;屈锋 译
12.1引言
12.2内配体:细胞内的适配体
12.3适配体作为抑制剂筛选的探针
12.4小结
致谢
参考文献
第13章适配体酶:别构核酶和脱氧核酶作为生物传感器
Scott M.Knudsen 和 Andrew D.Ellington 著;屈锋 译
13.1引言
13.1.1寡核苷酸依赖的适配体酶
13.1.2非核酸效应子的激活
13.2通过合理设计和体外筛选的方法创建适配体酶
13.2.1合理设计适配体酶
13.2.2体外适配体酶筛选
13.3效应子激活
13.4适配体酶结构和功能的多样性
13.5生物学和生物技术应用中的适配体酶
13.5.1作为生物传感器的适配体酶
13.5.2适配体酶作为分子的逻辑门
13.5.3适配体酶阵列
13.5.4适配体酶的体内应用
致谢
参考文献
第14章适配体转化为小分子先导化合物
Andreas Jenne 著;李玉娟 译
14.1引言
14.2合理的药物设计
14.3生化筛选
14.4小结
致谢
参考文献
第15章适配体作为配体在亲和色谱和毛细管电泳中的应用
Eric Peyrin 著;赵新颖 译
15.1引言
15.2亲和液相色谱(和电色谱)中的配体
15.2.1亲和色谱的一般原理
15.2.2蛋白质的分离/纯化
15.2.3小分子的分离
15.2.4特定靶标的手性分离
15.3亲和毛细管电泳中适配体作为配体
15.3.1亲和毛细管电泳的一般原理
15.3.2亲和毛细管电泳用于靶蛋白的定量分析
15.4小结
参考文献
第16章用于体内成像的适配体
Sandra Borkowski 和 Ludger M.Dinkelborg 著;屈锋,乐胜锋 译
16.1体内成像:模式和要求
16.1.1成像模式
16.1.2成像的要求
16.2体内成像用适配体
16.2.1体内应用的寡核苷酸性质
16.2.2不同类型的靶向试剂比较
16.2.3用于成像的适配体靶
16.3适配体的标记
16.3.1SPECT所用的同位素
16.3.2PET所用的同位素
16.4SPECT和PET成像中的寡核苷酸
16.4.1非靶向适配体
16.4.2反义寡核苷酸
16.4.3靶向适配体
16.5展望
参考文献
第17章治疗用适配体的性质
Sharon T.Cload,Thomas G.McCauley,Anthony D.Keefe,Judith M.Healy和
Charles Wilson著;李玉娟 译
17.1引言
17.2适配体靶标
17.2.1细胞表面的靶标
17.2.2细胞内的靶标
17.2.3细胞外靶标
17.3适配体结合的特点
17.3.1适配体的亲和性
17.3.2适配体的特异性
17.3.3适配体结合动力学
17.3.4结合与功能
17.4适配体的化学修饰
17.4.1 2′-修饰
17.4.2 3′-端加帽
17.4.3 5′-端加帽
17.4.4磷酸盐取代
17.4.5碱基修饰
17.4.6聚乙二醇
17.4.7脂质标签
17.4.8肽标签
17.5适配体的给药途径
17.5.1非肠道
17.5.2与生物制剂比较
17.6替代适配体制剂的机遇
17.6.1储库给药
17.6.2局部给药
17.6.3口服给药
17.6.4肺部给药
17.6.5眼部给药
17.7适配体的药物动力学和生物分布
17.7.1关键的药物动力学和生物分布的参数
17.7.2控制适配体药物动力学和代谢稳定性的因素
17.7.3适配体的生物分布
17.7.4适配体定量的生物分析方法
17.7.5适配体的药物动力学和生物分布性质的总结
17.8适配体的毒性曲线
17.9适配体的免疫原性
17.10适配体的生产
17.10.1对适配体合成成本的贡献
17.10.2生产设施
17.10.3化学合成与生物合成的优势
17.11研发中的治疗用适配体实例
17.11.1抗凝血酶适配体ARC1
17.11.2抗补体C5的适配体ARC1
17.11.3L.选择素的适配体
17.11.4PDGF.BB 的适配体 ARC1
17.12治疗用适配体的前景
参考文献
第18章镜像异构体的治疗应用——进化筛选技术中手性原理的运用
Dirk Eulberg,Florian Jarosch,Stefan Vonhoff和Sven Klussmann 著;吕雪飞 译
18.1进化筛选技术
18.2手性
18.2.1自然中手性的发现和阐释
18.2.2镜像蛋白
18.2.3镜像核酸
18.3镜像进化技术:筛选.反射
18.3.1D.型肽适配体
18.3.2功能性的镜像寡核苷酸:Spiegelmers
18.4小结
致谢
参考文献
第19章临床应用:抗VEGF适配体
Tony Realini,Eugene W.M.Ng和Anthony P.Adamis著;屈锋,陈尔凝 译
19.1引言
19.2VEGF选为靶标的理由
19.3VEGF与人类疾病
19.3.1癌症
19.3.2年龄相关的黄斑变性
19.3.3糖尿病性视网膜病变
19.4VEGF治疗的两难境地
19.4.1VEGF与人体生理
19.4.2克服两难困境
19.5VEGF抑制剂
19.6进入Macugen
19.6.1临床前研究
19.6.2Macugen的临床试验
19.7展望
参考文献
后记我的个人观点:15年后的适配体
Larry Gold著;屈锋译
开篇
**个专利
NeXagen和NeXstar的创立
诊断成像
适配体治疗药物
SomaLogic公司基于适配体的诊断试剂
天然的适配体存在吗?
总结——药物开发的SELEX一课
致谢
参考文献
核酸适配体手册-功能性寡核苷酸及其应用 节选
《核酸适配体手册》以功能性寡核苷酸及其应用为核心,系统介绍了核酸适配体的体外筛选原理、技术方法以及近年来在基础医学、临床诊断、药物研究等方面的应用。本书姊妹篇《生物分析中的适配体》于2011年出版后,受到业内读者的广泛好评。这两本书的出版着重于适配体在生物分析化学中的应用。
核酸适配体手册-功能性寡核苷酸及其应用 作者简介
译者:屈锋,北京理工大学,教授,研究方向为生物医学分析检测和生物分离。研究内容涉及:蛋白质与核酸分析及相互作用;核酸适配体筛选;蛋白质组学分析方法;细胞活性分析及毒性物质评价;微生物特性及分析检测。主持和承担国家级科研项目:973《蛋白质分析鉴定新技术与新方法》;科技部“十一五”科技支撑计划《高通量蛋白质分离检测系统的研制与开发》;国家自然科学基金面上项目《基于模式病原菌全细胞核酸适配体的毛细管电泳筛选方法研究》等。
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