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根据全国自然保护区区划会议确定的原则，目前我国已建立起来的自然保护区分为三种类型，即：森林及其他植被类（简称森林类型）、野生动物类型和自然历史遗迹类型（草原、水域等包括在此类当中）。其中前两类在目前建立的自然保护区中占绝大多数。截止1991
年底，建立了628 处自然保护区，其中有451 处是属于前两种类型的。
森林类型自然保护区对各种不同自然地带的典型森林、稀疏森林、灌木丛、草原、草甸、苔藓、沼泽、海滩涂等生态系统，以及各种稀有、珍贵的植物资源进行保护。如浙江的西天目山自然保护区主要是保护珍稀植物柳松、金钱松的。
野生动物类型自然保护区主要对各种珍贵、稀有或濒临灭绝的，以及在科学上有重要价值的野生动物种群进行有效的保护。如安徽扬子鳄国家级自然保护区，主要是为保护濒危动物扬子鳄而建立。黑龙江的七星砬子自然保护区，主要是为了保护濒危动物东北虎而建立的。
自然历史遗迹自然保护区是对需要采取特殊保护措施和非生物资源，如地质剖面、化石产地、冰川遗迹、火山、溶岩、温泉、天然湖泊、瀑布等进行保护的自然保护区。如保护火山遗迹的黑龙江省五大连池自然保护区。
目前我国自然保护区的等级分为两类：国家级自然保护区和地方级自然保护区。
国家级自然保护区，是在保护对象上具有国内特别典型，在科学上有重要研究价值，在国际上有一定影响的自然保护区。这些自然保护区经国务院正式批准后，就变成了国家级自然保护区。目前，我国共有国家级自然保护区56
个，并且，到1987 年底，我国国家级自然保护区中，已有长白山、鼎湖山、卧龙、梵净山、武夷山5 个自然保护区加入了国际“人与生物圈”计划，成为世界永久保护地。
地方级自然保护区，它们是在具有本地特点，能反映本地自然资源和自然环境状况，并确有保护价值的地区建立的自然保护区。地方级自然保护区由地方人民政府批准，目前，我国地方级自然保护区由于批准机关级别不同，因此，也就分为省级、市级和县级。
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