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在浩如烟海的茫茫宇宙中，各种生物和派别在共存与斗争中发展。即便有着属于过去的种种荣耀，古老共和国仍旧以不可逆转的态势衰落，制度的缺陷和官僚的腐败是国家致命的敌人。在这个失衡的体系中，战争的阴影在悄悄笼罩着整个星系。前任绝地武士杜库伯爵有着不可小视的能力和领袖般的个人魅力，他的出现仿佛是天降大任一般，没有此公，也不会有愈演愈烈的分裂运动了。
战争一触即发，共和国议会中却出现了截然不同的两派意见，最高议长白卜庭有自信通过谈判方式和平解决问题。而那些专横的参议员们即使清楚共和国的绝地武士太少，对四处风起云涌的分裂运动难以镇压，却依然强调要建立一支共和国军队来武力对抗杜库伯爵。聪明的杜库伯爵得到银河中工会同盟、贸易联邦、科技联盟、内银河银行集团及商业联盟等集团的支持，通过对等的利益交换协议，这些团体同意全力支持其颠覆共和国。在吉奥诺西斯这个科技联盟的工厂世界，杜库伯爵宣布独立星系邦联正式成立。而消息在第一时间被绝地武士欧比旺·肯诺比告知了尚在争论不休的共和国议会。大为震惊的共和国先发制人，派出了新组建的克隆人大军，共和国与分裂份子的大战就此全面展开。
第一部分 吉奥诺西斯星球
冥冥之中，我看不真切，但清晰地听到有人对我说：“孩子，欢迎你，编号0177的战士。你们出生在这危急关头，智慧和勇气是你们唯一的生存之道。”这就是我作为一名共和国克隆战士，来到这世界上所受到的第一次教育。
我不是孤单一人，千千万万个和我一模一样的克隆战士是共和国的秘密武器，是对抗分裂主义联盟的强大军队。戴上神圣的头盔就深刻领悟到战争是我辈的第一要务。为了镇压和打击分裂份子，我所在的克隆大军星夜出发，赶赴前线作战。
吉奥诺西斯星球的领袖“道德感”是我们面临的第一个敌人，上峰命令指出，要不惜使用任何手段铲除他以及他手下的军队。战士们搭乘共和国运输飞艇出发，刚刚抵达目的地，站在运输飞艇门口的倒霉战友就被一只双翼巨鸟叼走了。这里主要的敌人就是有着蚱蜢一样脑袋的战斗机器人和刚才那种鸟人。子弹穿行的簌簌声和炸弹爆炸的轰隆声不绝于耳，让人紧张得透不过气来。我注意到，战场上有一些冒着黄色光芒镶有红边的圆形罐子，射击罐体就会发生爆炸，造成周边极大的破坏，抓住机会可有效打击成群的敌人，但反之也可能误伤自己的战友。
沿着山谷谷底前进，穿越一段地下通道，出来后第一次拾到一些手雷，这可是特别有用的武器。前方有一处碉堡就需要使用手雷给炸掉。而后进入里面的坑道，低矮的坑道需要蹲下来爬过去。从坑道另一头钻出来后，巧遇编号1262的战友。指挥其在前方建筑上安放炸弹，随后两人退得远远的，我按动遥控起爆开关将目标炸毁（准星对准安放炸弹的地点，画面出现红色手形图徽后按F键）。沿着炸开的通道，我们进入了此星球上最华丽的尖塔建筑群中。走上一段斜坡，遇到紧闭的大门。我上前安放了一枚遥控炸弹，吩咐战友站远些，随即按下了控制钮。大门炸开后，发现里面另外一名战友正努力地制服一只鸟人。大家会合后，我命令“闪电”在旁边的一台电脑终端上进行解码操作，打开了前面封闭的大门。此后大家如法炮制，通过了数道门禁。
3人同行至一处大厅，在这里守卫着许多敌人，大厅下方停放着两架吉奥诺西斯星际战机。待战友们干掉守敌后，我安置炸弹毁掉了战机，大家从旁边的大门进去，不料里面一片漆黑，好在我们配备的夜视仪发挥了作用。通过这里后，我们继续摸索前进，大家使用吊索下到底层，与绰号“Sev”的07号突击队员会合，一个以我为首的4人突击小队集合完毕，兄弟们还特地赠我昵称“Boss”。大家杀进前方大厅，这里出现了更加厉害的超级战斗机器人。这种形似无头鬼的家伙很难对付，但它也有弱点，就是非常害怕我扔出的电击手雷（按Q键切换手雷种类，按鼠标左键投掷）。此后我们进入一处分为上下两层的大厅，下层是通往星球工厂的入口，不过已被电磁波屏障封闭。Sev沿螺旋坡道跑到上层去试图操控电脑解开屏障，这时平台外面冒出大批鸟人向他猛烈攻击，还有一架星际战机也在协助进攻，我们其余3名兄弟努力还击敌人试图掩护他完成工作，但于事无补。大家只好沿原路返回开始的大厅，从另外一侧乘电梯往下行，试图找到另外的入口。
出了电梯，我幸运地得到一把狙击激光步枪。小队全员沿通道往地底深层而去，最后来到了工厂的干扰装置所在地，装置外壳有一个电磁波保护罩，而在离此不远的洞穴深处有一部电脑控制着这个保护罩。这里有许多鸟人，他们从电脑控制台旁边的天窗处不断飞出，我指挥两名战友用火力压制住这个出口，过去关掉保护罩后，炸掉干扰装置，利用吊索深入到工厂的核心地带。
分裂份子将他们的机器人制造工厂隐藏在星球深处，突击小队必须渗透进入地下空间，尽快锁定制造车间的具体位置。沿着地下隧道前进，前面是异常开阔的地下洞窟，出现了大批敌人，最恐怖的是一种酷似巨大飞蛾的生物，在空中喷射出熊熊火柱。干掉它们后，医治好两名奄奄一息的战友，炸毁前面的大门进去，让mhzcd控制大厅中的一门超音速火炮堡打击前方的敌人，当周围安静下来后，炸塌前方石柱架起桥梁通过断崖。沿着通风管道进入工厂内部，几经周折来到一处大门前。歇息片刻后破门而入，命令战友到控制台上解除控制，然后前行遇到有着3道门的岔道口。先进入左边的大门，沿管道一直走到尽头，干掉守卫在此的一个超级战斗机器人，然后炸毁这里的第一处能量枢纽。接着从身后的另一根管道出去，随后陆续遭遇数个超级战斗机器人，要注意让战友及时修复护甲，自己也要不停补充弹药。查找并炸毁第二处能量枢纽，完成任务后从通风管道出去，搭乘外面等候多时的飞船离开工厂。
星球上的任务并未完全结束，我们还没到胜利返航的时刻。破坏了敌人的机器人制造工厂后，突击小队需穿越敌人防线找到进入相邻分裂主义联盟飞船舰队基地的入口。飞船载着小队降落在一个峡谷内，大家沿谷底前进，路上炸掉多处阻塞道路的乱石，天空中不断有大量鸟人和喷火飞蛾俯冲下来袭击大伙儿。正当战友哀叹何处是尽头时，前面峰回路转，山谷间出现了一座巍峨壮观的建筑，这就是目的地——航空堡垒。此处的第一个任务是炸掉堡垒中不停运转的装填运输带，之后要渗透进去查找塔楼控制中心的具体位置，沿途要注意指挥战友控制房间右上角的电脑关掉那些窗户，以阻止外面的鸟人飞进来。最后上到堡垒中央3层，在这里安装炸弹炸掉堡垒塔楼控制枢纽，随后从另外一侧下楼撤离堡垒。
大家退回到峡谷内，沿着烽火堆指引的方向前进，沿途利用炮塔歼灭敌人。在路边获得反装甲榴弹枪后，炸开对面的乱石堆往里走。前方两个山洞中的一个里面出现大批敌人，最恐怖的是一个巨型四脚蜘蛛机器人，杀伤力强大，好好利用刚才得到的榴弹枪对付它吧。干掉他们后，从另外一处山洞进去，在4个通风口处选择最右边的一个弯腰爬进去，单枪匹马乘坐升降平台上到高处，另3名弟兄则从其他途径搜索消灭敌人。
这里才是飞船舰队基地的核心地带，随时可听命出发的敌机器人军队休眠于此。连续从车间的缝隙间穿过，突然从一排静立的机器人中跳出一个向我发动突袭，惊出我一身冷汗。干掉对方后从它原来站立的位置穿过去，猫腰爬过通道，小心提防走廊天花板上的自动机枪和半空中的喷火飞蛾。炸掉通风口的铁护栏爬进去，此后连续乘坐3处升降平台继续冒险旅程。沿途可发现基地内部已遭到了破坏，不时要炸开阻路的建筑残片找寻出路，还得小心头顶上掉落的建筑物件，最后发现战友们也从其他渠道抵达这里。大家会合后发现基地内部的敌人更多了，其中一种滚来滚去的球形变形机器人很难对付，其厉害之处在于外壳有一层蓝色透明电磁防护罩。我们互相掩护杀到一扇大门前，在门后的天桥上操控电脑打开大门，里面出来一个巨型四脚蜘蛛机器人。激战之后，大家一起乘坐电梯往上而去。到达顶层后，周围情况显示基地马上就要爆炸了，必须在限定时间内撤离这危险地段。沿走廊前进来到一个大厅，自己首先在前后两扇大门外各安装数个炸弹，然后命令战友到大厅中央的电脑上开启终端，其余几人则分别对付前后两边不断涌出的敌人，刚才安装的炸弹就可发挥作用了。当终端开启运转后，从中间的侧门出去，接应的飞船就在不远的窗外……
第二部分 幽灵飞船
无法估计终止时间的克隆战争日益让人生厌，突击小队面临着更加艰险的任务。某日，突击小队奉命去调查发生在一艘共和国大型飞船上的蹊跷事情。这艘飞船外观上是典型的三角形，其面积之大，简直就像漂浮在宇宙中的一座小岛。我们按计划分头行动，我独自从飞船右翼中部潜入。从切入点附近的小门进去，控制里面的电脑打开门外的圆形大门。从几个硕大的椭圆形燃料罐后面的斜坡道上去，猫腰进入漆黑的通风道。恶劣的环境未能影响我的行动，好在有夜视仪的帮忙。从通风道钻出来后，前面的道路被门锁住了，隔着透明的走廊玻璃可看见一个战友在对面的房间里使用电脑试图帮我打开这扇小门。他一边工作一边和我聊天，不一会儿，门被顺利地打开了，可是突然几个甲虫一般的机器怪物飞过来将他击倒在地。见此情景，我赶紧钻进前面的通风道试图接近他予以援手。一路上，透过通风窗口可看见登上飞船的战友们都遇到了敌人的袭击，看来飞船的控制权已被敌军掌控。
从通风道出来后，走廊上有几只刚才见过的甲虫机器怪物同样向我发动了攻击，它们发射出蓝色的电弧波，不仅刺伤了我的身体，而且干扰影响视觉，它们最厉害的一招当属自杀式的撞击行为。下一步的行动是寻找小队成员Sev，我低身爬过眼前灼热的管道。在走廊中部平台往下望，透过玻璃窗可看见Sev正在那里。不过他的警觉性实在太差，丝毫没想到周围潜在的危险。一瞬间，一只飞行甲虫向他飞去，他开枪击毁了对方，但自己也被另外一种敌人——手持双刀的绿头猩猩打晕在地。
我赶紧退回走廊，这时同样有几只机器猩猩持刀向我冲来，解决它们后，我从走廊另一头的供热管道进去，摆脱里面的甲虫怪物，出来后又遇到了一群埋伏在一堆燃料罐后面的猩猩。激战过后，沿着通道往下而去，路上不断看见战友们的遗体，有的战友被敌人从天花板上抛下活活摔死，有的就在不远的前方被猩猩们持枪顶住头颅打死。到了飞船控制中心门前，发现这里安装了一枚地雷。我小心地蹲着靠近地雷，将其起爆开关关闭后予以排除。在控制中心的中央使用电脑，完成工作后有许多猩猩和甲虫冲出来，干掉它们后从侧门出去。走廊上一些战友正在和猩猩们展开战斗，我发现飞船的这一部分已损毁得相当严重了，到处都是断壁残垣。越走越深入，巨大的飞船内部好似一个迷宫，前面似乎又回到了先前经过的控制中心，不过这个地方已是狼藉一片。当然，我并没有走回头路，这只是另外一处控制中心，在里面的两部电脑上进行相应的操作，此后还得面对猩猩们的反扑。离开控制中心后，我渐渐明白我们面临的巨大危险，目睹了那么多战友的死伤让我的精神险些崩溃，我决心拯救那些尚处于危险中的兄弟，离开这该死的幽灵飞船，我得首先找到飞船的着陆装置。
静悄悄的走廊上，没走两步敌人就纷纷现身了。这里需要提防的是天花板上有一些固定的自动机枪堡和一些喜欢猛扑上来抱住你脑袋不放的甲虫。在一处走廊上突然发现远处有一个身材高大的机器人出现，但转瞬就跑得不见了踪影。往上而去，开门进入一个大厅，头顶的天花板突然掉落开来，紧接着几个手雷自上面扔下。赶紧避开后，一群猩猩从天而降，结果它们的性命后，从大厅尽头左侧下坡通道进去，按动密码锁打开大门。房间远处有一只猩猩在张牙舞爪挑衅示威，不要轻易上它的当，房间两边埋伏了其他敌人。一旦识破对方的诡计，干掉它们并非难事。这之后会遇到一个专门在路上安装地雷的猩猩，小心不要被炸伤了。
拐过几道弯后，前面有建筑残件阻塞道路，可选择炸掉开路前进，也可从右边的小通风管道绕过去。通过此处后，只听得前面一声巨响，一名战友被远远地扔了出来，惨死在眼前。走过去，发现罪魁祸首就是前面看见的那个大个子机器人。首先用电击弹对付它，然后一边避开其手上的重型机枪攻击，一边努力还击。干掉它后，可获得它的机枪作为战利品。然后炸开旁边大门前的石块，进去与Fixer会合，两人并肩继续搜索。
经过一处房间时透过玻璃窗看见下面的大厅里敌人在残酷殴打我们的战友，两人赶紧沿通道下去营救。下面的走廊天花板上安装了一排固定机枪，要逐个击毁。走廊尽头有一挺机枪，吩咐Fixer上前控制机枪扫射前方敌人。战斗告一段落后进入大厅，救活晕迷不醒的森就人合力消灭所有敌人，进入飞船上的拘留所，进门后当心正前方高处的敌人。然后走到一个有两条通道的岔路口，吩咐两名战友各占据一处有利位置，分别对付两条路上冲出来的敌人，自己选择左边的道路前进。里面的道路四通八达，要提防路上的地雷和天花板上的机枪。最后进入1号大厅，从右边通道进去救出关押在此的S松，然后回到大厅从左边通道出去。乘坐电梯上到飞船舰桥部分，在这里连续炸毁5扇大门进入主控制大厅，在大厅2楼的动力中枢上安置炸弹，干掉疯狂的敌人后引爆炸弹，再沿原路肃清其余舰桥部分的残敌。
小队下一步就是要撤离舰桥部分，在众多拦路的敌人中，Tnt是一种背着压缩气瓶的机器人，其弱点也在于气瓶，打爆其气瓶它就如同火箭一般飞出去。在路上还会遇到一架超级战斗机器人运输器，那种难缠的无头鬼从其中不断涌出，只有派战友去安装炸弹毁掉运输器才是良策。
单凭小队几个人看来难以抵挡太多敌人的进攻，所以当务之急是修复飞船的自身防御系统，另外还得摧毁携带敌人进入飞船的运输艇。乘坐电梯回到先前经过的拘留所，在这片冒着红光的区域找到3处已损坏的负责控制防御系统的电脑，并将其修复。此后拘留所会四处喷射出火热的蒸气，赶紧集合几个同伴，炸坏一处通道墙壁上的铁栅栏离开这里。
大家跳下去到达通风管道，这里一片漆黑。戴上夜视仪摸索前进，飞行甲虫和天花板上的机枪是最麻烦的障碍。好不容易从地道出来后，发现到达了飞船的A区，这里分上下两层，首先把上层的敌人消灭干净，派一个战友控制好角落的固定机枪，其余3人到下层扫清那里的残敌。然后由两人控制住这里的两门火炮，大家一起对准A区中央庞大的敌运输艇射击，将其摧毁。随后大家从下陷的一处地板进去，沿着管道直达B区，这里有大量守敌，还有多个非常麻烦的机器人运输器陆续降落下来。首先要炸毁这些不断涌出敌人的运输器，消灭全部敌人。其次在大厅多处地方安放炸弹，将该区摧毁。之后来到C区和D区，在这几处区域小队要完成的任务都差不多，但要对付的敌人越来越多，最后在D区中控制角落的电脑升起一门巨型火炮。我亲自进入火炮控制室，瞄准正前方右上角，将那里不断出现的敌人全部轰成碎片，最后将左上角那根冒着蓝色光芒的光柱炸毁。之后走出控制室，大家站在火炮旁边，随着地板缓缓降下去。沿着地下管道到达飞船火炮控制室，在顶住敌人疯狂进攻的同时，使用3部电脑打开飞船防御火炮系统，让飞船重新对外反击。
经过一连串艰苦卓绝的战斗，我率领突击小队成功地拯救了飞船，让它重归共和国控制之下。
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