秦汉时期，孔子后裔有少数人迁往他乡。东汉末年，二十二代孔衍迁居会稽（今浙江绍兴），后逐渐成为当地望族。唐代迁居外地者渐多，三十五代孔贤徙居河南宁陵，后代繁衍，形成宁陵派；孔立言定居河北献县，其后代形成献县派。三十六代孔至避乱于河南鲁山，其后裔形成鲁山派。三十八代孔惟时，三十九代孔温宪，四十代孔绚、孔绩，四十一代孔昌弼，四十二代孔(禾丹）、孔桧等，或因居官，或因避乱，先后外迁定居，其后裔日渐增多，分别形成浏阳、郏县、桂东、丹阳、临江、岭南、庐江、平阳等支派。

　　四十三代孔仁玉之后，其后裔又大量外徙。南宋建炎二年（１１２８年），四十八代衍圣公孔端友赴扬州陪郊祀，因金兵陷兖州而未归，与嗣子孔随高宗南渡，定居于浙江衢州。其后五代相继承袭南宗衍圣公爵，子孙繁衍，形成孔氏南宗。此后，还有４０多支外迁，其中徙往山东各地的有清平孔庄、成武孔楼、平阳孔集、肥城孔庄等支和牟平派，徙往江苏的有吴县、武进、镇江等支，徙往河南的有泰康、考城、浚县等支，徙往安徽的有舒城、合肥、桐城等支，徙往河北的有枣强、恩县、冀县等支，还有江西新建、四川阆中、浙江温岭、福建闽县、广西灌阳等支。民国年间修谱时，又找到原失续的７７支。各支派在外地聚族而居，小支数十人至数百人，大支（派）数千人至数万人。如江南高淳县漆桥孔氏，传十几代后，至嘉庆十年（１８０５年）已是“万有余丁”。道光九年（１８２９年）流寓安徽潜山县的族人，由于人丁繁衍，已散居潜山、太湖、怀宁、望江四县。清末，“自六十户至今约六百年，瓜瓞绵延。遍于鲁地；再合唐、宋、元、明时落居各省县族人，中国内无处不有。”民国年间，孔子后裔不仅散布山东各地，还散居在浙江、江西、四川、河南、广西、广东、福建、河北、江苏、安徽、湖南、山西、甘肃、吉林、黑龙江、青海、陕西、辽宁、云南、贵州等２０余省区。至２０世纪８０年代已遍布全国各地。

　　孔氏族人向海外迁徙，最早始于元代。当时，蒙古最高统治者为控制高丽，采取联姻政策。至正九年（１３４９年），以鲁卫王之女、承懿公主宝塔失里下嫁给入元为质的高丽忠肃王之子王颛。翌年，王颛归国即位，承懿公主带侍从孔子五十四代孙孔昭等同行。至高丽后，孔昭官至门下侍郎同平章事（宰相），封桧原君、昌原伯，死后葬于昌原。其子孔帑官至集贤殿大学士同平章事，长孙孔俯官至判尹，次孙孔德官至门下侍郎同平章事。其后裔多以昌原为籍贯，子孙繁衍，名人代出，成为朝鲜南部的望族。李朝崇奉儒学，对孔氏后裔屡予优渥。正宗十六年（１７９２年），国王考求曲阜孔氏族谱后，命朝鲜孔氏以曲阜为籍贯，以示不忘祖先，并仿中国衍圣公之例给以世爵。韩国孔氏繁衍至今已延续８０多代，１９８７年人口普查统计，韩国孔姓１７２０７户，７２３８２人。清代末期，我国南方孔氏族人中多有移居东南亚者。民国期间，在各地族人中有的又陆续移往日本及美欧等地。至２０世纪８０年代，孔子后裔已遍及世界各大洲，其中，以韩国、朝鲜、日本、马来西亚、新加坡、印度尼西亚、缅甸、美国、香港等国家和地区数量较多，英国、瑞士、加拿大、澳大利亚等国也有一定数量。