孙中山逝世后，先在中央公园举行公祭。尔后遗体停放在北京香山碧云寺。在这期间，遗体历经风险，以至传出多种不同的说法：张作霖派人焚烧了孙中山遗体；棺柩烧坏了一角，遗体变色，不得不进行土葬；孙中山遗体在解放前早已被蒋介石运到了台湾等等。针对种种传说，知情者撰文，披露真情，以破谣传。

　　孙中山的遗体在协和医院进行防腐处理之后，于1925年3月19日移至中央社稷坛大殿安放，以作公祭。在奉移时，没有用杠夫，而是由当时在京的孙中山亲属和国民党中央主要负责人孙科、宋子文、孔祥熙、汪精卫、于右任、张继、陈树人等，分组轮流举运。
　　中央公园(现中山公园)，是建于明永乐19年，明清两代帝王祭祀祈祷丰年的场所。今日，作为一代伟人的公祭场地，进行了大规模的搭建。在公园大门、社稷坛石门和拜殿门口都搭建了素雅的三彩牌楼，并适当地配有彩绸彩球。灵堂上扎了灵龛，灵龛的圈门上雕出了抱厦，探出五佛冠式的挑，挑上悬着长短彩绸、绣球，显得格外庄严肃穆。

　　灵龛内停放着孙中山先生的灵柩，柩盖上覆以青天白日旗，柩前悬挂着孙中山先生的大幅遗像。上端悬匾“有志竟成”，两旁挂联为：“革命尚未成功；同志仍须努力”。灵龛两旁摆着青松翠柏、鲜花。灵堂内还设有苫席，并按中国传统习惯，男左女右排列，灵位东侧(上首)为：戴恩赛(孙中山的女婿)、宋子文(孙中山的内弟)、孙哲生公子、孔祥熙(孙中山的襟丈)；灵位西侧(下首)为：孔夫人(孙中山夫人的姐姐)、孙哲生夫人。此外，还有在此轮流守灵的政府文武官员。

　　从公祭开始，仅一周时间，公祭处共收花圈7000余个，挽联5900余幅，横条幅500余件，唁电唁函不计其数，签字留名的吊唁者计746823人，机关团体1254个。其规模之盛大，礼仪之隆重，影响之远，这在民国以来都是绝无仅有的。
　　中央公园公祭之后，经治丧处黄开文、许世英、李烈钧、戴天仇等互相协商之后，定于4月2日上午11时举殡，暂安于香山碧云寺的金刚宝塔内，待南京中山陵完工后，再正式奉安。

　　4月2日，北京城各机关、团体、学校、铺户、住户均挂半旗致哀。上午8时起，北京西长安街至中央公园门口、天安门一带，由治丧处分段分片地插上了白旗，作为各机关、团体、学校送殡人员集合的标志。政府派出的陆、海军护灵仪仗队、北平警察保安队，先后按次序排列整齐，北京大学学生组成的花圈队则在公园南门“公理战胜”牌坊集合，人各手持花圈一个，等候起灵。
　　殡列行进时，宋庆龄夫人在灵车后边乘坐第一辆双马驾辕的黑车，车顶上扎着黑彩球。其他送殡官员的女眷所乘的四轮马车车顶上，一律扎白彩球。
　　殡列经西长安街、西单牌楼、西四牌楼等街道时，市民们均不约而同地肃立在便道上，主动脱帽，行注目礼。城中礼炮哀鸣，一派肃穆，三架飞机，绕空护送。在行进中，群众高呼口号：“孙中山先生主义万岁！”“反对帝国主义！”“打倒军阀！”场面十分悲壮。
　　灵车抵达海淀时，有培元小学、西郊小学、西郊女学等校师生列队行礼致祭。车经玉泉山、山口扎有素彩牌楼一座，上面嵌以“中山先生主义万岁”字样；不远又有小牌楼一座，标以“哀音”二字。

　　下午4时25分，灵柩抵达香山碧云寺，山门外有香山慈幼院男、女学生千余人，他们均身穿青制服，手执素花束，列队迎灵。另有清华童子军一大队，每人俱穿土黄军服，胸章、肩章。队色及佩戴齐整，颈上系蓝、白两色的领巾，头戴大沿帽，手执军棍，阵容整肃。当灵车开过时，全体童子军在一声口令下，均以左手举军棍，右手三指合拢(代表智、仁、勇的精神)放在军棍前行礼。顿时，鼓乐大作。此外，中法大学、绅商市民团体纷纷用松柏枝、鲜花、纸花临时搭了大牌楼。
　　因香山碧云寺坐落在山上，为使孙中山先生灵车能够平稳地运上去，事先顺着山道，台阶用木板搭成长坡，当灵车到碧云寺后，由执绋的人们挽曳而上，很平稳地将灵车运至碧云寺金刚宝座塔前。
　　碧云寺各院门早已搭起牌楼，挂满挽联。二重门牌楼的挽联是：“空手创共和，生死不渝三民主义；大名垂宇宙，英灵常耀两香山。”塔龛内的长联是：“功高华盛顿，识遇马克思，行易知难，并有名言传海内。骨瘗紫金山，灵栖碧云寺，地维天柱，永留浩气在人间。”

　　4时30分，在庄严的哀乐声中孙中山先生的灵柩被安居于金刚宝塔内。
　　孙中山先生遗体暂居北京西山碧云寺，是等待南京中山陵竣工后再奉移。但不想孙中山遗体在碧云寺暂放期间，竟多次遭到奉系军阀势力的威胁。
　　第二次直奉战争奉军战胜后，即以武力为后盾，再次插手北京政权。张作霖进入北京后的第二天，即与冯玉祥举段祺瑞为“中华民国临时执政”，执掌北京政权。
　　当时，北京处于奉系军阀的控制下，国民党的势力远在南方的广东，碧云寺守护孙中山灵榇的只有几名卫士。
　　张作霖的奉军入京后，胡作非为，常有士兵在西山恣意捣乱。

　　1926年4月，一群奉军士兵来到碧云寺闲游，看见灵堂中悬挂着孙中山遗像，一个奉军士兵问守灵卫士：“这像上是什么人？”
　　卫士回答说：“是中华民国首任总统孙中山先生。”
　　这个士兵听后，眼睛一瞪，竟张口大骂“什么总统”，随后拔出手枪就想对孙中山的遗像开枪。
　　守灵卫士见状，赶忙上去好言相劝，奉军中一些明白事理的士兵也力加劝阻，那士兵才收起枪来作罢。
　　当时负责守护西山灵堂的副官黄惠龙，担心奉军还会来闹事，便命令卫士们把灵堂的铁门关闭，守灵卫士身穿便衣守在碧云寺金刚塔内，在暗中守护灵柩。后来黄惠龙调走，李荣接任守灵处主任，风声更紧。那时，北伐战争已经开始，吴佩孚、孙传芳等直系军阀被彻底打垮，奉军也被北伐军打得落花流水。
　　但一波未平一波又起。1927年9月18日，奉系军阀张宗昌到北京开会，竟然提出：南军总是打胜仗，是因为孙中山先生停灵的地方风水太好，要求毁掉孙中山遗体以绝后患。祸国殃民的张宗昌，真是可恶至极。张宗昌是近代军阀史上一个极富传奇色彩的人物，此人字效坤，乳名“田”，1882年3月4日生于山东省掖县路旺乡祝家村一个贫穷的吹鼓手家庭。曾为土匪，绰号“狗肉将军”。辛亥革命后，在上海任光复军团长。1916年被袁世凯收买，派人暗杀陈其美。

　　1917年8月，直系军阀冯国璋代理北洋政府大总统，张宗昌随冯进京，初任总统府侍从武官长。但张宗昌不惯于总统侍从的拘束，不久改任江苏第六混成旅旅长。

　　1926年7月9日，国共合作进行的北伐战争正式打响，这直接威胁着北洋各系军阀的命运。北伐军所向披靡，在两湖和赣闽战场上先后打败直系吴佩孚、孙传芳主力，奉张亟谋对策，张宗昌在9月奉张作霖召开的“讨赤”军事会议上力排固守北方之议，坚持主张南下，得到奉张的同意。但是，以军阀私利为灵魂的张宗昌呈现出十分复杂的心态：他属奉系，但非嫡系，不甘心完全受奉张的驱使，时思寻机脱奉自立；他援吴(佩孚)而又想抢占吴的地盘；他援孙(传芳)但又念念不忘不到一年前被孙氏赶出苏皖的“一箭之仇”；他仇视革命，“素以反赤为职志”，却又一度接受杨度所提“背奉附南”的建议。但是他最终还是与北伐军为敌到底。

　　1927年6月18日，张宗昌与孙传芳等拥戴张作霖为“中华民国陆海军大元帅”，组织了“安国军政府”。张宗昌、诸玉璞的直鲁联军分别被编为“安国军”第二、第七方面军。6月下旬，张宗昌在鲁南、鲁西连吃败仗。7月反攻蒋军一度得手，重占徐州。8月，孙传芳在津浦线南段反攻蒋军不利，张、诸军则在陇海线上与冯玉祥部国民联军进行了长达4个多月的拉锯战。10月，因张宗昌以重金收买国民联军刘镇华部旅长姜明玉叛变，诱擒冯部第八方面军副总指挥郑金声。姜之倒戈，使张宗昌赢得了马牧集之役的小胜。但总的来说，张宗昌吃亏还是大的，损失还是惨重的。
　　张宗昌在南方打败仗，却责怪孙中山的停灵之地，真是岂有此理。他在1927年9月18日来北京开会时，信口雌黄地说：南军打胜仗，是因孙中山先生停灵的地方风水好，为了能打胜仗，就应毁掉孙中山遗体，以绝后患。”
　　绿林出身的张作霖也是一个极迷信风水的人，他听了张宗昌的建议一拍即合，幸亏杨宇霆从旁劝止，才暂时作罢。杨宇霆，原名玉亭，字徽阁，后改邻葛，有以诸葛亮自况之意，因而在政界有“小诸葛”之称。杨宇霆在奉系军阀集团中，曾任奉天省督军署参谋长、奉军总司令部参谋长、东三省巡阅使署总参议、兵工厂督办和江苏省督办等要职。他在张作霖身边，为张出谋划策，赞襄政务，参与机要，位同首辅，是一位炙手可热的显赫人物。
　　在张宗昌提议毁掉孙中山遗体时，当时的“少帅”张学良也在北京。他听说了这件事后非常气愤。张学良对孙中山十分尊敬，他当面警告张宗昌不准胡来，还通知警察厅加强防范。张学良还致电南京政府，要求将孙中山遗体运回南京，并表示他可以护送到天津，处于当时南北战争的情况下，移灵南京很不安全，也不可能。

　　正是由于孙中山遗体处于险境，特别是在报纸上刊出关于孙中山遗体的谣传消息后，社会上的闲杂人士更是谣传不断：有人说，张作霖派人去烧孙中山遗体，幸亏张学良骑马赶到，才得以制止此事；有人说，棺柩被烧毁了一角，遗体开始变色，在这种情况下，只有将孙中山遗体土葬了。
　　然而，事实究竟如何呢？香山守灵处主任李荣，针对谣传，写了一份报告，详细地记载了事情的经过。这个报告是李荣在事后根据当时的日记写的，因此，真实可信。此报告存于中山陵园档案中。
　　这份报告中写道：当时，北京的报纸上又纷纷谣传土匪将要烧毁孙中山遗体，守灵处主任李荣为此十分担心。他曾想托人南下报告，但又觉得南京政府鞭长莫及，帮不了忙，这时他想到了为孙中山治病的协和医院，因为协和医院是一家美国人办的医院，他想借外国势力来保护遗体。于是，李荣亲自到协和医院去找院长刘瑞恒，请协和医院以孙中山遗体有变，需运回医院治理为名，暂时予以保护。不料刘瑞恒胆小怕事，不敢负责，李荣哀求几次，刘瑞恒就是不答应。