1987年7月16日，在袁隆平指导下，李必湖的助手邓华风在安江农校籼稻三系育种材料中，找到一株奇异的光敏核不育水稻，历经两年三代异地自交繁殖，于1988年7月育成光敏核不育系，并通过省级技术鉴定，定名为“安农S—1光敏不育系”。荣获湖南省1988年10大科技成果奖。光敏核不育系的育成，使袁隆平两系法的设想变为现实。
　　1987年，当选为湖南省科协副主席。
　　1988年3月14日，第三次获国际科学大奖：在英国伦敦获让克奖的奖章、证书和奖金2万英镑。
　　1988年，当选为湖南省政协副主席。
　　1989年9月25日～10月3日，被评为全国先进工作者，应邀出席在北京召开的全国劳动模范和先进工作者表彰大会，参加国庆40周年观礼活动。
　　1991年8月14日～8月22日，应日本学会邀请，赴日本作两系杂交稻研究新进展学术报告。
　　1991年9月29日～10月10日，在美国参加洛克菲勒基金年会。
　　1991年11月2日，任湖南省农业科学院名誉院长。
　　1992年1月13日～1月15日，出席并主持在湖南长沙召开的国际水稻无融合生殖会议。
　　1992年4月20日～4月27日，率中国代表团参加在菲律宾国际水稻研究所召开的第二届杂交水稻国际学术讨论会。
　　1992年7月28日～8月4日，受联合国粮农组织委托赴印度作杂交水稻方面的学术报告。
　　1992年10月22日～11月13日，受联合国粮农组织委托以首席顾问身份赴印度指导杂交水稻技术3星期。
　　1993年4月10日～4月22日，赴美国布朗大学出席菲因斯特拯救饥饿奖仪式，夫人邓哲应邀陪同前往。
　　1993年5月19日，受聘为湖南省留学人员联谊会顾问。5月20日受聘为国务院学位委员会审核博士生指导教师通讯评议专家组成员。
　　1993年11月17日～12月10日，受联合国粮农组织委托第三次赴印度传授杂交水稻技术。
　　1993年12月30日，撰写《对大面积推广玉米稻要持慎重态度》一文，由湖南省农业厅以湘农函(1993)种字113号转发，对于稳定湖南粮食产量起到重大作用。
　　1994年2月28日～3月12日，赴美国休斯敦与美国水稻技术公司草签合作开发两系杂交稻协议。
　　1994年5月14日，赴印度尼西亚参加洛克菲勒基金会年会。
　　1994年9月23日～9月25日，袁隆平在湖南长沙主持全国杂交水稻专家顾问组组长碰头会。
　　1995年1月，获首届何梁何利基金生物学奖。
　　1995年2月，赴美水稻技术公司参加学术年会。
　　1995年5月，当选为中国工程院院士。
　　1995年10月，获联合国粮农组织“粮食安全保障”荣誉奖章。
　　1995年12月16日，“国家杂交水稻工程技术研究中心”在“湖南杂交水稻研究中心”的基础上正式成立，袁隆平任主任。
　　1996年5月，获日本经济新闻社“日经亚洲奖”。
　　1996年7月，出席在湖南省张家界市召开的“863”计划重大技术项目复审会议。
　　1996年8月，出席在四川省双流县举行的两系杂交稻现场会。
　　1996年9月11日，出席由中宣部与中华全国总工会在北京人民大会堂联合举行的全国科技十杰表彰大会，发表题为《攀登杂交水稻研究新高峰，解决中国人吃饭问题是我的毕生追求》的演讲。
　　1996年10月18日，出席由何粱何利基金会在北京举办的学术报告会，作《从杂交稻育种领域看粮食增产潜力，中国有能力解决吃饭问题》的学术报告。
　　1996年11月，出席在杭州举行的东亚地区洛克菲勒基金会水稻生物技术国际学术讨论会并作学术报告；参加在印度举行的“第三届杂交水稻国际会议”。
　　1996年12月，出席姜春云副总理主持召开的农业专家座谈会，共商农业丰收大计；两院院士评出国内重大科技进展新闻，两系杂交稻技术获重大突破的新闻，名列榜首。
　　1997年1月，出席由农业部召开的五省五大作物工作会议。
　　1997年3月，赴美国休斯敦出席水稻技术公司年会，应邀赴缅甸指导杂交水稻生产。
　　1997年4月，出席在北京举行的“第二届中国国际农业科技年会国际种业学术讨论会”；在安徽农科院举办的“863”计划1997年两系杂交(粳)稻技术培训班上讲课。
　　1997年8月，获国际农作物杂种优势利用“杰出先驱科学家”荣誉称号。
　　1997年9月，在长沙出席并主持“农作物两系法杂种优势利用国际学术讨论会”，作了题为《农作物两系法杂种优势利用的现状与前景》的学术报告。
　　1997年11月，参加在武汉召开的“863”计划生物领域农业专题年会；在《杂交水稻》第6期上发表《杂交水稻超高产育种》的重要论文。
　　1998年8月，应邀赴北戴河休假期间，向朱镕基总理呈送“申请总理基金专项支持超级杂交水稻选育”的报告，得到高度重视。朱镕基总理批示：“国务院全力支持这个研究”，并拨经费1000万元予以支持；参加在北京召开的第18届国际遗传学大会，作《超高产杂交稻选育》报告。
　　1998年9月，应邀赴埃及参加第十九届水稻国际委员会会议；接受香港凤凰卫视中文台节目主持人杨澜采访。
　　1998年10月，参加在上海举行的“第六届国际水稻分子生物学会议”。
　　1998年11月，出席在广西北海举行的“863”计划生物领域“九五”计划课题年度报告会议；获日本“越光国际水稻奖”。
　　1998年12月，出席在广东肇庆举行的“863”计划“超级杂交稻”项目会议。
　　1999年4月底，出席由全国总工会、中央电视台举办的“五一”晚会，并作为嘉宾登台向全国观众致意。
　　1999年6月，赴浙江武义主持“两系杂交稻”现场会；“袁隆平农业高科技股份有限公司”正式挂牌成立。
　　1999年12月，出席由中宣部、科技部、人事部联合在北京人民大会堂隆重举行的全国“杰出专业技术人才”表彰大会，荣获“杰出专业技术人才”金质奖章，发表题为《发展杂交水稻，造福世界人民》的演讲；出席在深圳举行的“863”计划生物领域农业专题1999年年会。
　　2000年3月底至4月初，赴菲律宾国际水稻研究所参加水稻科研会议，宣读《超级杂交稻育种》论文，并对湖南杂交水稻研究中心设在菲律宾的杂交稻试种基地进行现场考察。
　　2000年，袁隆平主持的国家“863”计划两系法杂交水稻研究项目通过科技部的验收。其中，他直接指导取得的“两用核不育系‘培矮64S’的选育及其应用研究”成果，2001年获国家科技进步一等奖；5月31日，以袁隆平名字命名的袁隆平农业高科技股份有限公司股票“隆平高科”在深交所上网定价发行；8月，以袁隆平名字命名的高等院校“袁隆平科技学院”在湖南成立，袁隆平出任名誉院长。
　　2000年7月5日至7月7日，袁隆平赴安徽安庆主持召开全国两系优质杂交早稻示范现场会。8月25日、9月10日在湖南郴州主持全国超级杂交稻现场验收会，超级稻第一期目标达标。
　　2001年2月19日，袁隆平院士获首届“国家最高科学技术奖”。颁奖仪式在人民大会堂举行，由国家主席江泽民亲自颁授奖励证书和奖金（500万元）。2月22日，湖南省委、省政府隆重召开袁隆平院士荣获首届国家最高科学技术奖庆功大会。本年度，湖南省委、省人民政府决定，在全省广泛深入地开展向袁隆平院士学习的活动。
　　2001年5月，分别赴越南参加联合国粮农组织主持的“在亚洲加快大规模杂交水稻发展的政策支持会议”，孟加拉参加国际水稻所及亚洲发展银行杂交水稻项目的第四次技术委员会会议。7月赴香港中文大学考察并作学术报告。
　　2001年9月，袁隆平院士因在杂交水稻研究中有突出贡献，以及为亚洲带来粮食安全而获得菲律宾“麦格赛赛政府服务奖”。拉蒙?麦格赛赛奖被视为亚洲的诺贝尔奖。
　　2001年12月，经国家主席江泽民推荐，袁隆平院士赴委内瑞拉考察推广杂交水稻的可能性与前景。
　　2001年，袁隆平院士获湖南省农业科技工作“杰出贡献奖”。
　　2002年1月，第二届“袁隆平农业科技奖”颁奖。
　　2002年12月，由《科学中国人》杂志社发起，广大科教工作者参与的“科学中国人（2002）年度人物”评选活动揭晓，袁隆平院士荣膺“科学中国人（2002）年度人物”称号。
　　2002年5月13日至22日，袁隆平赴越南河内参加第四次杂交水稻国际学术讨论会，并考察义安省杂交水稻种植情况及南方种子公司。期间，获越南政府“越南农业和农村发展”荣誉徽章。
　　2002年7月，分别赴香港参加在香港中文大学举行的生物技术及作物改良会议；赴泰国曼谷参加由联合国粮农组织主持的“第二十次国际水稻委员会会议”。
　　2002年9月15日至19日，参加在北京举行的国际水稻大会，并作学术报告。
　　2003年3月，赴乌拉圭参加学术会议，并作“杂交水稻在中国的发展”学术报告。
　　2003年7月17日，海南省人民政府在三亚市举行仪式，聘请袁隆平院士为海南省政府高级科技顾问。
　　2003年8月，被天津市政府聘请为天津市特聘专家。
　　2003年10月1～4日，胡锦涛总书记在湖南调研期间，3日专程赴袁隆平院士主持的国家杂交水稻工程技术研究中心，详细察看了超级杂交稻选育项目的进展情况，充分肯定了他们作出的重大贡献。
　　2004年3月，出任国家杂交水稻工程技术研究中心天津分中心首席科学家。