8月24日胡宗南发现红军过草地北上，电令所部第四十九师由漳腊向包座疾进，在包座河一线堵击红军东进北上。
　　8月29日至31日红军右路军第三十。军于29日发起包座战斗，全歼堵击红军北上的胡宗南部第四十九师，攻占上下包座，打开了进军甘南的门户。
　　8月底红军右路军全部过草地，到达班佑、巴西、阿西地区。

　　9月1日毛泽东、徐向前、陈昌浩为促左路军北上电张国焘，并提出集中主力向东北武都、西固、岷州间打出去的计划。
　　9月3日左路军先头部队五军进抵墨洼附近。张国焘借口墨曲河(一说噶曲河)水涨和草地不易通过，强令部队返回阿坝，并致电中共中央提出要右路军“回击松潘敌，左路军备粮后亦向松潘进”的主张。
　　9月8日右路军徐向前、陈昌浩电张国焘，提出“我们意以不分散主力为原则，左路速来北进为上策，右路南去南进为下策”的意见。
　　9月9日张国焘为改变北上方针，提出南进主张，致电中共中央，鼓吹南下川康边之天全、芦山、丹巴、懋功、甘孜、道孚等地的退却逃跑计划，说“丹巴、甘孜、道孚、天、芦均优于洮、夏，邛、大更好”，说南下“为真正进攻，决不会做瓮中之鳖”。
　　同日，中共中央电张国焘：南下“中央认为是完全不适宜的。中央恳切的指出，目前方针只有向北是出路，向南侧敌情、地形、居民、给养都对我极端不利，将要使红军受空前未有之困难环境。中央认为：北上方针绝对不应改变，左路军应速即北上。”
　　9月9日张国焘密电原四方面军领导人，企图以武力要挟党中央南返。前敌总指挥部参谋长叶剑英发现这份密电后，立即送达毛泽东手中。
　　中共中央在巴西召开政治局紧急会议，决定率领一、三军团(即一、三军)和军委纵队先行北上，脱离危险区域，是日夜半从巴西出发，次日晨到达阿西，继续北上。
　　9月10日中共中央发出《为执行北上方针告同志书》，指出“我们应该根据党中央正确战略方针继续北上”，“无论如何不应该再退回原路，再去翻雪山、走草地”，“南下是绝路”。
　　9月11日中共中央为贯彻北上既定方针，再次电令张国焘“立刻率左路军向班佑、巴西开进，不得违误”。“中央已决定右路军统归军委副主席周恩来同志指挥，并已令一、三军团在罗达、俄界集中”。
　　9月12日中共中央政治局在俄界(今甘肃省迭部县境)召开扩大会议。出席俄界会议的有毛泽东、张闻天、王稼祥、博古、凯丰、刘少奇、邓发、彭德怀、叶剑英、林伯渠、车维汉、杨尚昆等二十一人。会上，毛泽东作关于与四方面军领导者的争论及今后战略方针的报告。根据这个报告，会议通过了《关于张国焘同志的错误的决定》。决定指出，张国焘与中央的争论，“其实质是由于对于目前政治形势与敌我力量对比估计上有着原则的分歧”。
　　俄界会议《关于张国焘同志的错误的决定》只发至中央委员一级，未向全党公布。
　　关于北上红军的战略行动方向，俄界会议鉴于一、四方面军已分开，北上红军只有一方面军主力一、三军团，乃一致同意毛泽东提出的行动方针，决定改变川陕甘计划，经过陕北、甘东北，以游击战争“打通国际联系”，“首先在苏联边界，创造一个根据地，来向东发展”。
　　俄界会议采纳了彭德怀的建议，决定将北上红军改编为中国工农红军陕甘支队。陕甘支队以彭德怀为司令员，林彪为副司令员，毛泽东为政治委员，王稼祥为政治部主任，杨尚昆为副主任。
　　9月13日，中共中央率陕甘支队七八千人，离开俄界，沿白龙江右岸，通过栈道，向岷山要隘腊子口前进。14日到达麻牙寺。
　　9月12日张国焘电红一方面军一、三军团首长，电称“一、三军团单独东出，将成为无止境的逃跑，将来真会悔之无及”。又说“不拖死也会冻死”。要一、三军团“速归来”，一同南下，说什么“南下首先赤化四川，该省终是我们的根据地”。
　　同日，张国焘电令右路军第四军、三十军南返。14日，四军、三十军自班佑、包座由原北上路线过草地南下。19日前后，到达毛儿盖地区。
　　9月14日中共中央再电张国焘，说明率军北上只是为着实现领导全国抗日的战略方针，并企图以自己的艰苦奋斗，为左路军及右路军之四军、三十军开辟道路，以利他们北上。中央仍希望张国焘改正错误，率军北上。
　　9月15日张国焘在阿坝召开“川康省委扩大会议”，并作出决议，行指中共中央北上抗日的方针为“机会主义”和“右倾逃跑”，而把南下说成是“进攻路线”，并扬言对“经过斗争和教育仍不转变的分子”要给予“纪律制裁”。会上，张国焘策动一些人以突然袭击方式，威逼朱德、刘伯承接受南下退却的主张，反对中央北上的方针。朱德、刘伯承临大节而不辱，据理驳斥，坚持北上。
　　是日，张国焘发布《大举南进政治保障计划》，提出“目前的战略方针是集中主力，大举向南进攻，消灭川敌残部”，“首先赤化四川”。17日，又发布南下命令。
　　9月17日红军陕甘支队攻占天险腊子口，击溃国民党新编第十四师鲁大昌部三个团。
　　9月18日红二十五军于16日到达陕北苏区延长县永坪镇，与陕北红军二十六军、二十七军会师。
　　9月20日红军陕甘支队到达甘肃眠县的哈达铺。21日至22日，在哈达铺休息整编。中共中央和毛泽东从一份国民党山西日报上获悉阎锡山部队进攻陕北红军刘志丹部的消息，于是决定去陕北苏区。22日在哈达铺关帝庙召开团以上干部会议，毛泽东作政治报告，宣布要北上抗日，首先要到陕北去，会台刘志丹的红军。同时正式宣布组成中国工农红军陕甘支队。支队下辖三个纵队；原红一军团统为第一纵队，纵队长林彪，政治委员聂荣臻；原红三军团编为第二纵队，纵队长彭德怀，政治委员李富春；原军委纵队编为第三纵队，纵队长叶剑英，政治委员邓发。全支队共约七干多人。23日，陕甘支队从哈达铺出发，继续北上。
　　9月26日红军陕甘支队自陇南武山县之鸳鸯铺出发，以急行军通过渭水封锁线，占领通渭镇。27日，红军先头部队急袭通渭，占领通渭城。27日，陕甘支队主力在榜罗镇休整。中共中央政治局在榜罗镇召开会议，政治局常委参加。会议讨论了北方形势和当前任务，正式决定去陕北，以陕北作为抗日的前进阵地和领导中国革命的大本营。接着召开全支队军政干部会议，毛泽东作报告，解释北上抗日的意义，提出要迅速到达陕北集中。贾拓夫(到瑞金出席“二苏”大会的陕北苏区代表、后随中央红军长征)介绍了陕北苏区和刘志丹的情况。在榜罗镇，部队检查了群众纪律，进行了去陕北的政治动员和物质准备。
　　9月26日蒋介石决定设立“西北‘剿匪’总司令部”，自任总司令，以张学良为副司令，代行总司令职务，并任朱绍良为所属之第一路总司令，于学忠为第二路总司令，杨虎城为第二路总司令，马鸿逵为第一边防区司令，马麟为第二边防区司令。尔后，蒋介石又安排晏道刚和曾扩情任“西北‘剿匪’总司令部”参谋长和政训处长，以监视张学良。张学良在就职后，即率东北军主力及陕、甘、宁、晋、绥等地方军计十万人，向陕北和陕甘苏区发动第三次“围剿”。
　　9月30日红二、六军团于29日致电周恩来，寻找中央军委，是日与红四方田军沟通电讯联络。此后，张国焘即以红军总司令部名义，与二、六军团联络。
　　9月底陕甘边和陕北苏区加紧“肃反”、逮捕刘志丹等一大批创造红军和苏区的干部，造成陕北竞与苏区约严重危机。

　　10月5日张国焘在川康边境的卓木碉(今四川马尔康县境)另立伪中央，成立所谓“中央委员会”、“中央政治局”、“中央书记处”、“中央革命军事委员会”。并自封“主席”。作出所谓组织决议，要求取消以毛泽东、周恩来。张闻天为核心的中共中央。
　　10月19日红军陕甘支队到达陕北革命根据地吴起镇(今吴旗县城)。至此，中共中央和中央红军主力历时一年，纵栈十一个省(闽、赣、粤、湘、桂、黔、滇、川、康、甘、陕)，行程二万五千里的长征，宣告结束。
　　中共中央政治局在吴起镇举行会议，再次讨论政治局在榜罗镇提出的把全国革命大本营放在陕北的问题，正式作出保卫与扩大陕北根据地(包括陕甘边根据地)和在这个根据地领导全国革命斗争的决定。陕甘支队在吴起镇休整七日，进行政治教育和军事整顿。