继实施研究生培养机制改革后，南开大学再度探索研究生培养新机制，打破专业壁垒，培养有的放矢。自2008级硕士研究生起，将以经济学院为试点，在同一专业内实行“课程硕士”与“研究硕士”双轨并行培养，成为全国第一所试行研究生课程“双轨制”的高校。

南大即将实行的“双轨制”就是在同一学科专业下，按照两类不同的培养方案进行培养，一类为“课程硕士”，致力于走上应用型工作岗位。另一类为“研究硕士”，致力于进行深层次理论知识学习和科学研究。两套课程培养两种类型的人才，既符合学生兴趣，又适应了社会需要。这既是对以两年制为基础的弹性学制的延续，也是对研究生培养的优化。