据南京大学官网消息，美国当地时间2016年4月20日，自然出版集团发布最新自然指数，（Nature Index 2016），全面衡量全球各个国家/地区、科研院所、高等学校以及产业机构的高水平论文产出，并评估各院校在化学、地球与环境科学、生命科学以及物理科学四个核心学科领域的排名。在国家与地区排名中，中国是全球高质量科研论文的第二大贡献国，仅次于美国。

自然指数排行榜展示了最近四年的各年度指数，并全部于4月20日首次对外发布。自然指数依据的是各国或各科研机构对每年发表的约六万篇高质量的科研论文的贡献情况，既计算论文总数，又计算不同国家和机构在每篇论文上的相对贡献。

自然指数排行榜（Nature Index 2016 Tables）显示，南京大学位于全球科研机构第25位，全球高校第20位，在亚太地区科研机构、高校中均位于第4位，中国高校第2位。同时，2014-2015年南京大学自然指数增幅达18.6%（213.92-253.62），为全球机构前30位中增幅最高。进入全球五十强的中国高校，还有北大、清华、中科大、浙大、复旦和南开。

在化学领域，中国在十强中占据三席。南京大学高居全球机构第10位，中国高校第2位。2014-2015年自然指数增长18.5%（128.14-151.8），为前10位中增幅最高。

在物理学领域，中国高校在该领域实力雄厚，南京大学位于全球机构第26位，中国高校第4位。2014-2015年自然指数增长16.3%（69.95-81.36）。

与化学相比，中国在地球与环境科学领域相对薄弱，南京大学成为除中科院之外外全球排名最高的机构，位于第40位，中国高校第1位。2014-2015年自然指数增长14.0%（15.05-17.14）。