第6章 基因表达分析 106
6.1 qPCR数据分析 106
6.1.1 绝对定量分析方法 107
6.1.2 相对定量方法分析 108
6.2 基因芯片数据分析 111
6.2.1 从GEO上下载基因芯片表达
谱数据 111
6.2.2 将表达谱数据导入MATLAB
软件 112
6.2.3 对soft格式文件的标准化 113
6.2.4 差异表达基因筛选 114
习题 114
参考文献 115
第7章 进化分析 116
7.1 进化理论介绍 116
7.1.1 种群是生物进化的基本单位 116
7.1.2 可遗传的变异是生物进化的
原始材料 116
7.1.3 分子进化中性学说 117
7.2 进化分析(以MEGA为例) 117
7.2.1 序列准备 118
7.2.2 序列比对 119
7.2.3 建树计算 119
7.2.4 进化树的调整 121
习题 121
参考文献 122
第8章 非编码miRNA分析 123
8.1 miRNA简介 123
8.1.1 miRNA的生物合成 123
8.1.2 miRNA调控基因表达的机理 124
8.1.3 miRNA的生理调节作用 125
8.2 miRNA靶基因预测 125
8.2.1 miRNA靶基因的预测原理 125
8.2.2 miRNA靶基因的预测软件 126
8.2.3 miRNA靶基因的预测步骤 127
8.3 调控靶基因的miRNA预测 130
8.4 miRBase数据库的使用 131
8.4.1 miRBase数据库的搜索 131
8.4.2 miRBase数据库批量下载 132
8.4.3 miRNA记录信息 133
习题 134
参考文献 134
Linux篇
第9章 Linux系统 138
9.1 Linux简介 138
9.1.1 什么是Linux系统 138
9.1.2 为什么要学习Linux系统 139
9.1.3 如何学习Linux系统 140
9.2 Linux系统安装 140
9.2.1 Linux系统下载 140
9.2.2 系统安装盘制作 142
9.2.3 CentOS 6.5操作系统安装 144
9.2.4 更新yum源 154
9.3 Linux命令行模式——终端 155
9.4 Linux系统开关机 156
9.5 Linux系统文件 157
9.5.1 Linux文件夹及其主要作用
(以CentOS 6.5为例) 157
9.5.2 Linux的文件信息的意义 158
9.5.3 Linux命令帮助文件 159
9.6 几个重要的快捷键 161
9.7 Linux系统的命令 161
9.7.1 Linux系统命令的输入格式 161
9.7.2 常用命令及其常用选项介绍 161
9.7.3 数据流重定向 167
9.7.4 管道命令 168
9.7.5 vim编辑器工具 168
9.7.6 其他命令 170
习题 177
参考文献 177
第10章 Perl语言 178
10.1 Perl版本 178
10.2 Perl标量数据 179
10.2.1 Perl运算符 180
10.2.2 标量变量 180
10.2.3 数字及字符串的比较
运算符 181
10.3 列表与数组 182
10.3.1 数组及其赋值操作 182
10.3.2 数组元素的引用 182
10.3.3 数组相关的几个命令 183
10.4 哈希 183
10.4.1 哈希赋值 184
10.4.2 哈希的相关函数 184
10.5 判断式及循环控制结构 185
10.5.1 if条件判断式 185
10.5.2 while循环结构 185
10.5.3 until循环结构 186
10.5.4 foreach循环结构 186
10.5.5 each控制结构 186
10.6 正则表达式 187
10.6.1 正则表达式相关符号 187
10.6.2 捕获变量 188
10.6.3 正则表达式中特殊字符
的意义 188
10.7 Perl的排序 189
10.7.1 sort命令 189
10.7.2 sort与比较运算符及默认
函数的连用 189
10.8 Perl默认的函数的总结 189
10.9 程序精解 190
10.9.1 实例一：从fasta文件中
寻找特定的序列 190
10.9.2 实例二：文本内容分类
统计功能 193
10.9.3 实例三：统计文件内容
是否有重复 195
10.9.4 实例四：Scaffolds序列
的排序 196
习题 196
参考文献 197
第11章 测序方法及数据处理 198
11.1 测序技术的发展 198
11.1.1 **代测序方法 198
11.1.2 二代测序方法 201
11.1.3 测序文库插入片段大小
选择 205
11.1.4 测序类型 205
11.1.5 测序方法的搭配 206
11.1.6 测序质量值 206
11.2 测序数据处理 207
11.3 测序数据质量分析 208
11.3.1 用FastQC软件对测序数据
进行评估 208
11.3.2 NGSQCToolKit对测序
Reads的处理 213
11.3.3 FASTX_Toolkit对测序
Reads的处理 216
11.4 深度测序数据上传SRA
数据库 218
11.4.1 材料准备 220
11.4.2 注册项目信息 221
11.4.3 提供技术信息 224
11.4.4 上传数据 227
11.4.5 数据传输完毕状态 230
习题 231
参考文献 231
第12章 基因组组装 232
12.1 Velvet拼装软件 233
12.1.1 Velvet软件安装 234
12.1.2 Velvet参数介绍 234
12.1.3 Velvet命令运行 237
12.1.4 Velvet运行结果解读 237
12.2 SOAPdenovo软件拼装 238
12.2.1 软件的安装 239
12.2.2 参数介绍 239
12.2.3 SOAPdenovo命令运行 241
12.2.4 SOAPdenovo运行结果
解读 242
12.3 ABySS软件拼装 242
12.3.1 ABySS的安装 242
12.3.2 ABySS主要参数介绍 243
12.3.3 ABySS命令运行 245
12.3.4 ABySS运行命令结果解读 245
12.4 ALLPATH-LG软件拼装 245
12.4.1 ALLPATH-LG的安装 246
12.4.2 ALLPATH-LG的主要参数 246
12.4.3 ALLPATH-LG测试数据
运行过程解读 249
12.4.4 运行结果解读 252
12.5 Gaps修补 252
12.5.1 GapFiller软件安装 252
12.5.2 相关参数介绍 253
12.5.3 程序运行命令 254
12.5.4 运行结果解读 254
12.6 基因组组装效果评估 254
习题 254
参考文献 255
第13章 小RNA测序数据分析 256
13.1 小RNA测序简介 256

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