海洋生物基因组学概论 本书特色

本书是2010年springer出版社出版的introduction to marine genomics一书的中文译本。本书分9章，概述基因组学方法应用于海洋生物研究领域中的**进展，每章包含一个特定领域，对该领域做介绍，而且对基因组学方法如何适应该领域研究的特殊需求进行详细说明。本书内容知识前沿，对该领域的研究有极大的参考价值。

海洋生物基因组学概论 目录

目录前言1第1章基因组学在发现与检测海洋生物多样性中的应用1.1全球视野下的海洋生物多样性与基因组学1.1.1海洋生物多样性：结构与功能成分1.1.2海洋生物多样性的本质1.1.3实践和理论的进步1.2海洋生物多样性的分子生物学鉴定1.2.1对微生物群落多样性和功能的分析1.2.2介于微生物和后生动物之间的生物：真核原生生物1.2.3小型底栖动物群落的多样性和生态分析1.2.4dna条形码和渔业1.2.5海洋系统中的幼虫1.3海洋生物多样性和生态系统功能1.3.1新环境中的微生物1.3.2生态系统进程中微生物之间的关系1.3.3环境变化与微生物多样性1.4结束语参考文献第2章宏基因组分析2.1前言2.2宏基因组学的历史和应用2.3宏基因组分析的技术挑战2.3.1宏基因组研究策略2.3.2富集策略2.3.3基因组dna的分离纯化2.3.4基因组dna的扩增2.3.5宏基因组文库的构建和分析2.3.6不依赖文库的宏基因组分析2.4生物信息学在宏基因组分析时面临的挑战2.4.1数据组装与合并2.4.2基因预测2.4.3功能注释2.4.4基于网络的注释流程2.4.5注释系统的本地安装2.4.6高多样性环境的浅度测序和短读长技术2.4.7比较宏基因组学结果展示2.5展望参考文献第3章种群结构和环境适应性研究中的基因组学技术及其研究进展3.1技术3.1.1dna和rna研究：est文库3.1.2dna研究：微卫星3.1.3dna研究：单核苷酸多态性（snp）3.1.4dna研究：扩增片段长度多态性（aflp）3.1.5dna研究：高通量测序3.1.6dna和rna 研究:目标基因分析3.1.7dna研究：条形码技术3.1.8rna研究：微阵列或基因芯片3.1.9rna 研究：q-pcr3.2种群基因组学3.2.1分析：选择、局限性和注意事项3.3种群基因组学在海洋环境中的实际应用3.3.1海洋中的扩散：从幼体发育到本地适应和物种形成的过程3.3.2海洋生物入侵：用基因组学方法研究入侵物种3.3.3揭示水产养殖种群中杂种优势的遗传基础3.3.4基因多样性和种群适应性3.4表达研究和环境基因组学3.4.1栖息地范围的定义：生物地理学3.4.2基因芯片:识别与适应性有关的生化通路3.4.3基因组的可塑性与季节波动3.4.4对极端环境的适应3.5总结和展望参考文献第4章动物系统发育:基因组有很多话要说4.1引言4.2动物系统发育的起源4.2.1以前的策略是基于体腔进化的假设4.2.2通过分支系统分析法筛选更多的特征4.2.3小核糖体rna基因和动物系统发生的新观点4.2.4新观点的局限性4.3系统基因组学的优缺点4.4系统基因组学解析动物亲缘关系4.4.1真体腔动物分类的争议和分类取样的重要性4.4.2系统基因组学是否可以解释动物亲缘关系4.5后生动物亲缘关系的系统基因组框架图4.5.1挑战根深蒂固的分类：后口动物4.5.2毛颚动物门归入两侧对称动物进化树4.5.3阿克尔扁形虫是*原始的两侧对称动物吗？4.5.4更深入的原口动物亲缘关系研究4.6总结：动物系统发育的前景参考文献第5章后生动物的复杂性5.1复杂性的途径5.2领鞭毛虫类：后生动物的多细胞进化5.3海绵动物的进化：体轴、细胞类型和皮层5.4丝盘虫：生而简单还是高度简化5.5刺胞动物：身体简单，基因复杂5.5.1海葵基因组5.5.2刺胞动物 bmp 模式和两侧对称的背—腹轴的进化5.5.3刺胞动物 hox 基因和前后轴的演化5.5.4刺胞类与两侧对称动物体轴的同源性比较5.5.5刺胞类中胚层的演化5.5.6刺胞动物“神秘的”复杂性5.6蜕皮动物：现有系统之外的动物5.7冠轮动物：引出新观点的进化分支5.8海兔：从神经回路到神经转录组学5.9沙蚕：祖先细胞的复杂性和基因组特征5.10可变剪接：调节基因组复杂性的基本层面5.11海胆：后口动物基部意想不到的功能类群5.12文昌鱼和脊索动物原型5.1.3海鞘：发育过程中的改变和不变5.1.4展望参考文献第6章海洋藻类基因组6.1什么是藻类？6.2为什么说藻类是有趣的？6.3内共生学说和藻类的起源6.4藻类和海洋生态系统6.4.1地球演化中浮游生物的多样性6.4.2藻类：浮游植物中的重要成分6.4.3基于高通量测序技术对浮游生态系统的探索6.4.4浮游生态系统的多样性和动态性6.4.5基于生物个体途径探索浮游藻类生物学6.4.6巨藻基因组6.5展望参考文献第7章基因组学技术在水产养殖与渔业上的应用7.1前言7.2基因组学技术和资源7.2.1遗传连锁图谱7.2.2辐射性杂交（rh）作图7.2.3基于bac的物理图谱7.2.4高质量基因组图谱7.2.5功能基因组学技术7.3基因组学技术在水产生物育种和繁殖研究中的应用7.4基因组学技术在水产生物生长和营养研究中的应用7.4.1前言7.4.2与肌肉生长相关的骨骼肌转录变化7.4.3外界因素影响下的骨骼肌转录组变化7.4.4基因组学技术在肝功能研究中的应用7.4.5结论与展望7.5基因组学技术在海产品质量和安全研究中的应用7.5.1影响海产品质量的各种因素7.5.2基于基因组学和蛋白质组学方法评价鱼类肉质7.5.3其他质量性状7.5.4海产品安全7.5.5海产品的品种认定和溯源7.6基因组学技术在宿主—病原体相互作用研究中的应用7.6.1鱼类的宿主—病原体相互作用7.6.2宿主免疫反应的转录组特征7.6.3遗传连锁图、rh作图和物理图谱如何阐明鱼—病原体的相互作用7.6.4贝类宿主—寄生虫的相互作用参考文献第8章海洋生物技术8.1海洋生物技术概览8.2基因组学如何影响海洋生物技术8.3通过微生物群落宏基因组、单个物种的全基因组及数据挖掘来扩充基因资源8.3.1全基因组8.3.2宏基因组不断增长的贡献8.4海洋生物技术在发现天然产物、新药物和白色生物技术中的应用8.4.1病毒8.4.2古细菌和细菌8.4.3藻类8.4.4藻类用于生产生物柴油8.4.5藻类用于生产酒精8.4.6藻类用于生产氢气8.4.7藻类用于生物质发酵8.4.8海洋基因组和藻类燃料8.4.9藻类细胞工厂8.4.10海洋真菌8.4.11后生动物8.4.12结论参考文献第9章实践指南：基因组学技术及其在海洋生物学方面的应用9.1序列数据产生9.1.1经典基因组测序技术9.1.2第二代测序技术9.1.3其他新的高级dna测序方法9.1.4结论9.2生物信息学应用数据管理9.2.1数据建模和存储9.2.2数据访问9.2.3常用的文件格式9.3dna 序列分析9.3.1est 分析9.3.2基因预测9.3.3基因组注释及其他9.3.4比较基因组学和功能分类9.3.5主要公共序列数据库和其他资源9.4基于高通量技术的转录组分析9.4.1微阵列技术的基本原理9.4.2基因表达分析9.4.3数据共享和公共数据资源库9.4.4基因表达分析章节的总结参考文献词汇表

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