猪功能基因研究 本书特色

　　刘娣等*的《猪功能基因研究》以猪繁殖、脂肪 、肉质、肌肉生长、抗逆等重要经济性状候选基因的 遗传分析为主要内容，包括对相关基因及序列进行的 克隆、表达、多样性分析、功能分析以及结构分析等 。希望能为猪的分子育种，如标记辅助选择、基因组 选择、多基因聚合和转基因研究提供参考。

猪功能基因研究 目录

序 前言 1 猪重要经济性状候选基因研究进展1.1 繁殖性状候选基因研究进展1.1.1 雌激素受体基因1.1.2 卵泡刺激素基因1.1.3 促黄体素基因1.1.4 骨形态发生蛋白基因1.1.5 促性腺激素释放激素及其受体基因1.1.6 促红细胞生成素受体1.1.7 骨桥蛋白基因1.1.8 谷胱甘肽硫转移酶M2亚型基因1.1.9 TGF-β1基因1.1.10 催乳素受体基因1.1.11 视黄醇结合蛋白4基因1.1.12 视黄酸受体基因1.1.13视黄素X受体基因1.1.14 甲状腺素运载蛋白基因1.2 脂肪性状候选基因研究进展1.2.1 肝细胞核因子-4α基因1.2.2 肝X受体基因1.2.3 Krox20基因1.2.4 脂蛋白脂肪酶基因1.2.5 脂肪酸结合蛋白基因1.2.6 肥胖基因1.2.7 激素敏感脂肪酶基因1.3 肉质性状候选基因研究进展1.3.1 腺苷一磷酸脱氨酶基因1.3.2 腺苷琥珀酸裂解酶基因1.3.3 氨基咪唑氨甲酰核苷酸转甲酰基酶／次黄嘌呤核苷酸环水解酶基因1.3.4 谷氨酰胺磷酸核糖焦磷酸酰胺转移酶基因1.3.5 钙蛋白酶基因1.3.6 半胱氨酸蛋白酶抑制剂B基因1.4 肌肉生长性状候选基因研究进展1.4.1 生肌调节因子家族1.4.2 肌细胞增强因子2家族1.4.3 肌肉生长抑制素基因1.4.4 I型兰尼定受体基因1.5 抗逆性状候选基因研究进展1.5.1 抗黏液病毒基因1.5.2 天然抗性巨噬蛋白l基因1.5.3 唾液酸合成酶基因1.5.4 Toll样受体家族1.5.5 冷诱导RNA结合蛋白基因1.5.6 Y-box结合蛋白-1基因1.6 体长性状候选基因研究进展1.6.1 多形性腺瘤基因1.6.2 生殖细胞核因子1.6.3 配体依赖的核受体辅阻遏物 2 猪基因克隆与序列分析2.1 材料与方法2.1.1 实验动物组织样2.1.2 菌株和克隆载体2.1.3 主要仪器设备2.1.4 主要药品和酶2.1.5 缓冲液及主要溶液的配制2.1.6 DNA的提取与检测2.1.7 组织总RNA的提取与检测2.1.8 引物设计与合成2.1.9 cDNA克隆2.1.10 基因组DNA克隆2.1.11 主要分子生物学软件及统计分析软件2.2 结果与分析2.2.1 HNF-4α基因克隆与序列分析2.2.2 LXRα基因克隆与序列分析2.2.3 RXRα基因克隆与序列分析2.2.4 MEF2A基因克隆及序列分析2.2.5 CstB基因克隆与序列分析2.2.6 RPS3基因克隆与序列分析2.2.7 OPN基因克隆与序列分析2.2.8 EPOR基因克隆与序列分析2.2.9 GnRt丁及其受体基因克隆与序列分析2.2.10 长白猪ADSL基因克隆与序列分析2.2.11 长白猪PurH基因克隆与序列分析2.2.12 民猪GPAT基因克隆与序列分析2.2.13 民猪MyoG基因克隆与序列分析2.2.14 SRPK1／3基因克隆与序列分析2.2.15 BMP-6基因克隆与序列分析2.2.16 IGFBP7基因克隆与序列分析2.2.17 CIRP基因克隆与序列分析2.2.18 PDZRN3基因克隆与序列分析2.2.19 COX1基因克隆与序列分析2.2.20 NANS基因克隆与序列分析2.2.21 NLJMB基因克隆与序列分析2.2.22 IgG重链基因克隆与序列分析2.2.23 IRG6基因克隆与序列分析2.2.24 OAS1基因克隆与序列分析2.2.25 YB1基因克隆与序列分析2.3 讨论2.3.1 关于取样、RNA提取和反转录反应2.3.2 cDNA克隆2.3.3 基因组DNA部分片段克隆 3 猪基因表达规律研究3.1 材料与方法3.1.1 实验动物组织样3.1.2 主要仪器设备3.1.3 总RNA的提取与检测3.1.4 引物设计与合成3.1.5 反转录反应3.1.6 线性增长试验3.1.7 PCR扩增3.1.8 琼脂糖凝胶电泳检测3.1.9 竞争性RT-PCR3.1.10 Real-time PCR反应3.1.11 数据分析3.2 结果与分析3.2.1 RBP4基因的时空转录情况3.2.2 RAR基因的时空转录情况3.2.3 RXR基因的时空转录情况3.2.4 TTR基因的时空转录情况3.2.5 HNF-4α基因的转录情况3.2.6 LXRa基因的时空转录情况3.2.7 OPN基因的时空转录情况3.2.8 MEf2基因的转录分析3.2.9 EGR2及其调控相关基因的转录情况检测3.2.10 MC3及基因的转录分析3.2.11 CstB基因的时空转录分析3.2.12 LPL基因的时空转录分析3.2.13 SRPK1／3基因的时空转录分析3.2.14 BMP-6基因的定量检测3.2.15 IGFBP7基因的定量检测3.3 讨论3.3.1 相对定量RT-PCR分析3.3.2 竞争胜RT-PCR分析3.3.3 Real-time PCR分析 4 猪基因单核苷酸多态性分析4.1 实验方法4.1.1 实验动物组织样4.1.2 药品和酶4.1.3 主要仪器设备4.1.4 基因组DNA的提取与检测4.1.5 引物设计与合成4.1.6 PCR_SSCP检测4.1.7 基因多态性的统计方法4.2 结果与分析4.2.1 EGR2基因的单核苷酸多态性分析4.2.2 HNF-4α基因的单核苷酸多态性分析4.2.3 ADSL基因的单核苷酸多态性分析4.2.4 PurH基因的单核苷酸多态性分析4.2.5 GPAT基因的单核苷酸多态性分析4.2.6 SRPK1／3基因的单核苷酸多态性分析4.2.7 GSTM2基因的单核苷酸多态性分析4.2.8 TGF-β1基因的单核苷酸多态性分析4.2.9 BMP-6基因的单核苷酸多态性分析4.2.10 GnRHR基因的单核苷酸多态性分析4.2.11 TLR4基因的多态性分析4.2.12 PLAG1基因多态性分析4.2.13 NR6A1基因多态性分析4.2.14 LCORL基因多态性分析4.3 讨论4.3.1 基因组DNA提取4.3.2 PCR-SSCP多态性分析 5 猪基因功能分析5.1 实验方法5.1.1 缓冲液及主要试剂的配制5.1.2 引物的设计与合成5.1.3 细胞培养5.1.4 RNA干扰5.1.5 过量表达5.1.6 荧光素酶活性测定5.1.7 数据统计分析5.1.8 生物信息学分析5.2 结果与分析5.2.1 Krox20对脂肪细胞的影响5.2.2 Smad3、GDF8和MyoD对猪骨骼肌卫星细胞的影响及互作5.2.3 民猪MyoG基因启动子核心区定位5.2.4 民猪CYP1A1基因启动子核心区定位5.2.5 民猪MC4R基因启动子核心区定位5.2.6 民猪FST基因启动子核心区定位5.3 讨论5.3.1 shRNA的设计与筛选5.3.2 前体脂肪细胞体外培养5.3.3 骨骼肌卫星细胞培养及鉴定5.3.4 转染效率的影响因素5.3.5 Krox20对猪前体脂肪细胞增殖和分化的影响_5.3.6 Smad3、MyoD与GDF-8对猪骨骼肌卫星细胞增殖的影响5.3.7 Smad3、MyoD与GDF-8在骨骼肌卫星细胞增殖过程中的调控网络关系5.3.8 MyoG基因启动子区域生物信息学分析5.3.9 MyoG基因启动子活性分析5.3.10 CYP1A1基因启动子活性分析5.3.11 MC4R基因启动子活性分析 6 猪基因组织特异性表达分析6.1 材料与方法6.1.1 载体与菌株6.1.2 MC4R特异表达载体的构建与表达6.1.3 FST基因特异表达载体的构建与表达6.2 结果与分析6.2.1 MC4R基因特异表达载体的构建与表达6.2.2 FST基因特异表达载体的构建与表达6.3 讨论6.3.1 MC4R-P1／P2重组质粒的构建6.3.2 FST-P1、FST-P2重组质粒的构建6.3.3 FST-P3、FST-P4重组质粒的构建6.3.4 Tet-On系统的优点6.3.5 瞬时转染后细胞状态的观察6.3.6 诱导表达基因的检测6.3.7 诱导MC4R基因对CMS系统的影响6.3.8 FST与MyoD、MyoG、MSTN、GDF11之间的互作分析 7 高通量测序分析猪差异表达基因7.1 材料与方法7.1.1 实验材料与测序7.1.2 数据整理与分析7.2 结果与分析7.2.1 测序质量评估7.2.2 clean tag拷贝数分布统计7.2.3 clearn tag比对统计7.2.4 差异表达基因及部分功能基因的表达7.2.5 反义转录本与新转录本预测结果7.2.6 GO功能显著性富集分析7.2.7 Pathway显著性富集分析7.2.8 测序饱和度分析7.3 讨论7.3.1 高通量测序数据的初步分析7.3.2 部分差显基因或转录子的表达分析7.3.3 GO和Pathway分析 参考文献 附录附录一 本研究中获得的GenBank登录号附录二 本研究涉及的学位论文附录三 差异倍数在2倍以上的上调差异基因附录四 差异倍数在2倍以上的下调差异基因附录五 彩色插图附录六 本研究涉及的猪种附录七 参编人员

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