协同创新战略与专利转让制度具有紧密联系。专利转让问题多存在于专利转让合同。专利转让过程中有专利转让合同生效、合同解除以及权利义务等方面存在专利权一权数卖、专利无权处分、专利产品质量、合同解除救济、转让有偿性的法律推定、禁止反言等问题，产生了机会主义行为威胁，在提高了交易成本的同时破坏了协同创新关系。通过坚持诚实信用原则、提升合同完备性、发挥中介机构作用以及促进交易为原则开展司法审判，可以应对协同创新中存在的专利转让问题。
协同创新战略实施过程中，技术开发者与实施者之间必须进行密切的协作。如何在维护专利权人利益的同时，兼顾实施者的商业预期显得尤为重要。专利权用尽原则是对专利权排他性的一种重要限制。专利权用尽售后限制的法律争议主要表现为专利产品销售时所附限制性条件能否阻却专利权用尽，由此存在专利权的*用尽和相对用尽两种不同模式。应当借鉴合同法上的所有权保留制度，建立专利权用尽框架下的“专利权保留”规则。基于专利权用尽售后限制的理论，内在限制论排除了“专利权保留”，而默示许可论则更为符合专利权用尽中的当事人意思自治。
为使协同创新成果得到有效转化，研发单位可能会以专利权出资设立新企业进行制造销售的方法并获得经济回报。专利使用权出资是指以专利使用权向公司出资入股的行为，其实质是专利使用权资本化的过程。以专利使用权出资，有利于克服部分法人不能经商的障碍、降低投资风险、充分发挥专利价值。应当从法律层面明确专利使用权出资，允许排他性许可出资，规定专利使用权期限的*标准，并规定专利权失效或者被无效宣告后专利权人的法律责任。
协同创新过程需要持续有效的资金支持，利用专利权进行质押融资是实现研发企业与金融机构协同创新的重要法律形式，对于促进中小企业，尤其是科技型中小企业的研发活动具有非常重要的作用。专利权融资担保在金融危机爆发以来获得良好发展,同时也为金融机构拓展业务提供了契机。我国专利权担保融资出现了新的发展趋势：法律体系不断完善,融资担保规模显著扩大，政府积极主导的角色不断加强。但是，专利权融资担保仍然面临诸多限制。专利权质押客体和质押方式需要扩展，专利权担保在直接融资领域也要得到有效利用，而专利权质权实现后的法律问题应得到更多关注。
上市公司是协同创新的重要组织载体，能够集合多种资源从事协同创新研发和实施活动。在上市公司，尤其是创业板上市公司运作过程中，应对专利权创造、保护状况进行客观有效的评价。创业板市场公开的专利信息因具有对上市公司创新能力的评价作用，成为影响投资者股市行为的重要参数。现阶段创业板上市公司在主要无形财产中披露的专利信息，多数为实用新型和外观设计专利。鉴于这两类专利无须经实质审查即可授权，可以运用专利权评价报告制度对其进行较为权威的评价。构建创业板上市公司专利权评价报告披露制度将提升专利信息的客观性和全面性，降低投资者对上市公司创新能力的误判，有效减少创业板市场虚构创新能力并损害投资者利益现象的发生。
涉及3D打印的产品研发活动，已经从仅限于专业性生产企业或者研发机构的“封闭式”创新，发展到社会公众广泛参与的“开放式”创新，是协同创新的重要表现形式。3D打印技术对于产品设计、制造和销售方式产生了变革作用，然而也可能引发较高的专利侵权风险。根据现有的专利侵权构成要件，3D打印侵权产品和传播3D打印模型文档的行为难以构成直接侵权或间接侵权，专利权人所设计的技术措施也没有明确的法律依据给予保护，网络经营者提供或者分享侵权产品设计的行为也不能得到侵权豁免。因此，有必要取消专利侵权行为的生产经营目的要件，建立并拓展间接侵权制度，构建专利领域的“避风港”规则，并对专利权人采取的技术措施给予合理保护。
协同创新战略不仅体现在技术研发过程中，也体现在技术实施过程中。以云计算为代表的技术网络化趋势对于专利侵权判定规则及其适用是新的挑战。网络化技术实施过程中的分离式侵权行为和跨境侵权行为均难以根据现有规则被认定为落入专利保护范围，并由被告承担侵权责任。方法专利举证责任倒置规则也难以在网络化技术专利侵权诉讼中为权利人带来有效的救济。专利权人获得司法救济的法律障碍在制度设计时未能有效预见和应对，导致维权难度较传统技术领域显著增大。因此，必须克服专利侵权判定中的形式主义，以实质性侵权作为判定侵权行为成立的价值取向，以期克服由于网络化技术发展而带来的利益平衡格局遭到破坏的状况，实现专利制度的价值和目标。
在协同创新战略实施过程中，针对技术含量较高的协同创新成果，应当在专利等同侵权判定方面给予倾斜保护。对等同侵权司法判决案例进行实证分析，可以为该原则的适用提供新的思路和视野。通过对已经生效的案例进行分类，分别从等同侵权案件时间、地区、法院审级、专利主体、类型、技术特征覆盖程度等角度进行实证分析，发现等同原则在司法实践当中存在缺乏判定等同侵权具体的操作标准、法官自由裁量权过大、未对专利类型进行适当区分等问题。对于等同原则的适用，需要通过采取正确识别技术特征和选取判定方法，从严掌握该原则的适用，对该原则的适用对象进行适当区分，将覆盖技术特征的多寡作为适用标准等措施来进行完善。
协同创新战略实施过程中，会出现涉及数值范围的选择发明等同侵权判定问题。在“科力远公司与爱蓝天公司专利侵权纠纷案”中，专利所要求保护的技术方案是涉及数值范围的选择发明。由于传统的捐献原则存在局限性，等同侵权的适用出现不合理的扩张现象。应当根据该案再审判决意见，构建“明确限定原则”，对此类发明适用等同原则的适用范围作出限制，有效平衡当事人之间的利益关系。
协同创新成果获得专利权后，需要得到有效保护才能激励进一步的创新活动。实践调查研究表明，随着专利侵权案件数量的增加，《专利法》第65条所规定的赔偿数额确定方法得到了广泛的运用。但是由于该条款的模糊性规定，在实务操作中存在一定的困难。通过对采集到的法院案例进行统计学分析，指出我国目前的赔偿数额的确定方法存在问题，因此有必要通过制度变革，促进《专利法》得到更好的应用，以保护权利人的合法权益。

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