虽然对学生要求严格，但潘懋元坚持尊重学生观点。在博士生选择学位论文选题时，他总是充分尊重学生，他说，学生选的题往往是自己感兴趣的问题，也是从自己的知识结构或工作经历中引发出来的。学生自己选的题，就会其乐无穷地去探究，就不会觉得苦，往往会得出新的观点。

    这几年，潘懋元设立“懋元奖”，从个人积蓄中拿出近40万元，对优秀年轻师生给予奖励。他说：“我个人在物质生活上已经没有什么可追求的了，最大的乐趣是得天下英才而育之。”